西昌学院动物科学学院分院办学历史悠久，可上溯至1939年原国立西康技艺专科学校创立之时，其间历经西康技艺专科学校、西昌农业高等专科学校、西昌学院，迄今已有70年的办学历史。西昌学院动物科学学院为学校合并升本时最早设立本科专业的分院之一，2003年设立有动物医学本科专业1个，畜牧兽医、水产养殖技术、饲料与动物营养、自然保护区建设与管理、兽药生产与营销5个专科专业；2004—2006年分别又增设了动物科学本科专业、水产养殖学本科专业、野生动物与自然保护区管理等本科专业。2006年时为全校本科专业最多的2个学院之一，共有4个本科专业、5个专科专业。2007年根据学校学科专业特点，以及教学偏向本科的要求，动科院逐渐减少专科专业，加大学科专业的质量建设力度，目前为全校省级质量工程项目最多的学院之一，有省级实验教学示范中心1个、省级优秀教学团队2个、省级特色专业1个、省级精品课程2门，这些省级质量工程项目为动科院学科专业建设和教学质量的提高提供了坚强的保障。目前动科院现设有动物医学（省级特色专业）、动物科学、水产养殖学、野生动物与自然保护区管理4个本科专业，1个畜牧兽医专科专业。