微孢子虫亚门（Microspora）是动物界的1门，为最原始、最简单、最低等的单细胞动物。
微孢子虫亚门包括：
二型孢子纲（Rudimicrosporea）
异型目（Metchnikovellida）
微孢子纲（Microsporea）
小孢子目（Minisporida）
微孢子目（Microsporida）
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