植物保护系创建于1936年，前身是浙江大学农学院病虫害系，1952年全国院系调整时更名为“植物保护系”，是我国最早建立的植物保护学科点之一，在国内享有很高的声誉，一大批知名学者先后在本学科执教或求学。

植物保护系的“植物保护学”为一级学科，含“昆虫学”（现为“农业昆虫与害虫防治”）、“植物病理学”、“农药学”、“环境生物学”4个二级学科。1952年开始培养研究生，1981年“植物病理学”和“昆虫学”获准为硕士学位授权点，1986年“昆虫学”获准为博士学位授权点，1990年“植物病理学”获准为博士学位授权点，2004年“环境生物学”获准硕士、博士学位授权点，1998年“植物保护学”获一级学科博士学位授权点，建一级学科博士后流动站。目前“农业昆虫与害虫防治”是国家重点学科，“植物病理学”是农业部重点学科和农业部重点开放实验室。

目前植物保护系有教职员工38人，其中教授22人，副教授9人，博士生导师21人，获国家级荣誉称号4人，长江学者特聘教授1人，求是特聘教授1人，入选国家级人才基金（百千万人才工程、国家杰出青年基金和 新世纪优秀人才基金）12人次。本系现有1个植物保护本科专业、1个一级学科博士点、4个二级学科博士点和硕士点。近3年来，培养应用生物科学（植物保护 方向）本科毕业生60余人、硕士生100余人、博士生80余人，毕业研究生的数量和质量在国内同类学科点中名列前茅，有2篇博士论文获全国百篇优秀博士论文奖。