1995年5月，山东省政府召开南四湖渔政管理会议。8月，微山县根据山东省鲁编[1995]8号文件精神，撤销微山县水产局，成立“微山县渔业综合管理委员会”，简称“渔管委”，设立湖上公安分局（为微山县公安局的派出机构），地址位于商业街中段。作为渔业综合管理委员会的内设机构。渔业综合管理委员会下设办公室、渔政科、生产技术科、调解科。设立两城渔政管理站、二级坝渔政管理站、永胜渔政管理站、微山岛渔政管理站、两城湖上公安派出所、永胜湖上公安派出所、微山岛湖上公安派出所。渔政管理站与湖上公安派出所合署办公。2001年，微山县渔管委组建“微山县渔政执法大队”和13处湖区乡镇渔政管理站。2005年，渔管委下属企业2个，事业单位3个，共有干部职工209人。