微波窗口是波长在1.4mm-1m之间的大气窗口。几乎包括了整个微波波段。由于氧气分子的吸收（在2.53mm和5mm处）和水分子的吸收（在1.6mm和1.35mm）处结果，微波窗口又被分为四个，它们的中心波长分别为：1.4mm、3.3mm、8mm以及波长大于1.5cm的窗口。其中前三个窗口透射率很低，而最后一个窗口是全部遥感窗口中透射率最高者，此时（即波长大于1.5cm时）电磁波基本上不受大气影响。目前微波窗口已得到广泛应用，其中侧视雷达主要利用波长大于0.5cm的窗口和8mm窗口，而1.4mm窗口和3.3mm窗口主要用于卫星通讯和导弹跟踪。