台湾大学农学院之前身为日据时期之台北帝国大学理农学部，成立於一九二八年。台湾大学接收之初(一九四五年)，改为农学院设有七个学系，即农艺学、农业工学、农业化学、农业生物学(後改称植物病虫害学)、畜牧兽医学、农业经济学及园艺学等，附设机构有农场、果树园、牧场及南投县之雾社山地农场。1947年增设森林学系，1949年秋成立实验林管理处，1959年秋畜牧兽医学系分设畜牧及兽医两学系，1960年秋增设农业推广学系，先办夜间部，次年增设日间部，1981年农业工程学系机械组独立设农业机械工程学系。目前有农艺学、生物环境系统工程学、农业化学、植物病理学、昆虫学、森林学、畜产学、兽医学、园艺学、农业经济学、农业推广学、生物产业机电工程学及食品科技等十三个系所。

农学院硕士班系1947年秋，先自植物病虫害、农业化学两研究所开始，经逐年扩充，增加农艺、园艺、森林、农业经济、农业工程、畜产、兽医、农业推广及农业机械工程等。1976年秋增设食品科技研究所。目前十一学系及食品科技研究所均设有研究所硕士班。博士班自1967年秋由农艺学、农业化学、植物病虫害学三系最早开始，目前十二个研究所均设有博士班。硕士班及博士班之修业年限各为一至四年及二至七年。

农学院附设单位有农业试验场、实验林管理处、动物医院、山地实验农场、农业陈列馆、农业推广委员会、农工两院合设水工试验所及农业自动化教学及研究中心等八个单位。此外，颇具规模而未列入正式编制者尚有农机具工厂、人工气候室、电子显微镜馆、同位素馆等处。

农学院对於建教合作尽力推行，除与政府机关或民营企业从事合作专题研究外，尚利用寒暑假期间举办讲习会及每年接受农林厅、台糖公司、省农会及青果运销合作社联合社等选派在职人员来院进修一年，六十二学年度增加台湾区药品工业同业公会兽医人员，台北市政府、连江县及金门县农业人员，六十三学年度增加警备总部兽医人员进修班，六十四学年度增加台北市政府建设局家畜疾病防治所兽医人员进修班，六十七学年度增加台北市动物用药商业同业工会兽医人员进修班，六十八学年度增加“中华民国养鸡协会”畜牧兽医技术人员进修班，七十九学年度增加台北市内湖区农会农业推广人员进修班，八十学年度增加台北市农会农业经济人员进修班、台北市松山区农会农业推广人员进修班等。

农学院所属建筑物散布校园甚广，除已述者外尚有农学院农业综合馆 (原六号馆) 农艺馆、农业工程馆 (原五号馆) 、农业化学馆(原三号馆) 暨农业化学二馆、昆虫馆、森林馆、航测馆、林产馆、 畜产馆、园艺馆 (原四号馆) 、花卉馆、园艺实验温室、园产加工馆、造园馆、生物机电工程馆、食品科技馆及植病新馆 (原中非大楼) 及一号馆三楼及後侧 (植物系病理组) 等。