中华民国30年(1941年)，抗日战争爆发后，傅作义将军率部退守后套，绥远省政府也随之移到后套的陕坝镇。到后套后，傅作义将“绥远平市官钱局”的名称，改为“绥远省银行”。原绥远平市官钱局所设的分支机构，也都随之改名为“绥远省银行”的分支行和办事处。

傅作义提出银行“以服务为目的，不以营利为目的”的方针，将平市官钱局历年经营的积累，除留下固定资金50万元外其余全部缴纳省政府转入地方金库。总行设在现杭锦后旗。

绥远省银行成立后，绥远平市官钱局设于五原、临河的分局也随之改组为绥远省银行分局。由于绥远省包头以东各地均已沦陷，绥西物产输出、军民需品的购入则全靠陕、甘、宁等后方地区供给。

绥远省银行为了解决现金运送的困难，又先后增设了米仓、狼山分行，并于1941年1月在西安、兰州、宁夏、石嘴山等地设立办事处。1945年日本投降后，绥远省银行在归绥设立临时办事处。中华民国24年(1937年)，日寇占领归绥后，利用绥远平市官钱局留下的基础，加以改组，成立了“蒙疆银行”。抗日战争胜利后，绥远省银行接收了“蒙疆银行”，又重新恢复了它原来的机构和业务范围。

1946年3月，绥远省银行的总部再次迁回归绥，行址仍然设在大南街三贤庙巷4号。

绥远省银行在成立之初就设有总务、会计、营业、发行、公库、出纳和附属企业复兴实业工厂，1947年重组时进行了调整，原附属企业复兴实业工厂在抗战胜利前移交给绥远省政府物资管理部门。1949年11月26日，绥远省银行被中国人民银行绥远省分行（就是后来的内蒙古分行）接收并入。1998年末，内蒙古分行被撤销，由呼市支行行使其权利。