本学科内容包括病毒、原核微生物、真核微生物、微生物的营养和代谢、微生物的生长繁殖及遗传变异、微生物的生态等微生物学基础知识；饮用水、废水生物处理的微生物学原理；本学科介绍了用微生物进行水处理的新工艺，并对生物制剂及生物修复技术进行了系统而详细的阐述，本学科具有较强的知识性和实用性。

水微生物学为高等院校给水排水工程、环境科学、环境工程、环境监测等专业专科生、本科生的必修课，也可供有关的科研、设计和工程技术人员参考。