水生生态系（统），英文名称：aquatic ecosystem ，由水生生物与水体环境构成的统一体。

水生生物群落与水环境构成的生态系统称为水生生态系统，它又可分为淡水生态系统和海洋生态系统。

淡水生态系统是指一定淡水域内所有生物(即生物群落)与该水环境相互作用，并通过物质和能量流共同构成的具有一定结构与功能的统一体。按照这一观点，小至一个水坑、小溪，大至湖泊、水库、江河等，都可以看作一个淡水生态系统。一个水生生态系统中生物的种类虽然多样，数量尽管巨大，但都可按其在生态系统中的功能，归纳为3大类，即生产者、消费者和分解者。水生态系统主要功能是生物生产力、能量流动、物资循环和信息传递。