书院造是在主殿造基础上形成的，14世纪有个别因素出现，16世纪成为定式。　它的基本特点是：一栋房子的若干个房间里，有一间是主要的（上段，一之间），这件房间的正面墙壁划分为两个龛，左侧的宽一点，叫床（押板），右面是一个博古架，叫棚（违棚）。左侧墙上紧靠着床有一个龛，叫副书院。右侧墙上是卧室的门（帐台钩），分四大扇，中央两扇可以推拉，两侧的是死扇，床、棚、副书院和卧室的地面都垫高一点，以床为最高，顶棚则大大降低。　称为床的龛，正面墙上挂着中国式的卷轴画或书法，地上陈设着香炉、一对烛台和一对花瓶，后来只陈设一只花瓶。副书院一般向外突出，开着窗子，本来是读书的地方，后来缩小，陈设着精美的文房用具，也变成装饰性的了。　书院造府邸的代表是京都的二条城二之丸殿，名古屋的本丸御殿和京都的西本院寺白书院等。