肾脏是肺外(转移性)结核最常见的部位.常常经数十年静息后,一个小小的皮质病灶可扩大并破坏大块肾实质.肾盂可发生慢性"无菌性"(常规培养阴性)肾盂肾炎.感染常常播散到膀胱和男性的前列腺,精囊和附睾,引起肿大的阴囊肿块.感染也可播散至肾周间隙,使感染向尾部发展到达腰大肌形成股前侧的脓肿.尿培养,特别是前列腺按摩后所取得的标本进行培养可作出诊断.肾盂造影的典型表现为肾脏空洞和肾结构变形.PCR技术有助于鉴定病变中的少量细菌.

输卵管卵巢炎是月经来潮后输卵管充血时原发性结核病的一个并发症.它可早期发生也可经过一个相当长的隐伏期后才发生,其表现可为慢性盆腔炎或因输卵管结疤所致的不孕或异位妊娠.女性的诊断不能依靠尿培养,一般需剖腹探查,有时也可用诊断性刮宫或腹腔镜检查来作出诊断.