深圳市深航货运有限公司成立于1994年，为深圳航空公司下属的一个部门；1998年以“深圳市深航货运有限公司”的名称注册为深圳航空公司的直属企业，主要从事国内、国际航空货物运输业务，包括：空运、陆运、海运、中转联运、快件、特种货物运输、报关、报检、转关、仓储、配送及各种运输咨询服务等。截至2004年8月，深航机队发展为25架波音737飞机，拥有深圳、南宁、无锡、广州四个枢纽基地以及基本覆盖了全国各大中城市和地区的80多条航线，航班时刻分布均匀。公司在南宁、无锡设立了分公司，并在无锡硕放机场有独立的货站；在全国各大中城市设立了包括北京、上海、成都、沈阳、杭州、昆明在内的20多个货运部；在珠三角地区及深圳市拥有7个营业部及香港办事处；并与全国各地机场及代理人建立了良好的合作关系，从而构建了遍布全国各地完善的运输网络。公司还在宝安机场及高新科技园建立了两座大型货物分拨中心，拥有一支30多辆车组成的专业运输车队，构筑起专业化、网络化、社会化的货运管理平台。