由上海市卫生局于1958年12月创建，是一个专门从事心血管疾病的医疗、教学和科研工作，集研究、诊断、治疗、教学于一体的政府科研机构。

上海市心血管病研究所组建于1958年，原名上海市胸病研究所，挂靠于复旦大学附属中山医院，首任所长黄家驷。1963年更名为上海市心血管病研究所，由沈克非任所长。1973年恢复研究所建制，由石美鑫任所长。现任所长陈颢珠、名誉所长石美鑫、副所长葛均波、赵强、舒先红。全所职工107名，其中正教授10名，副教授30名。博士生导师6名、硕士生导师7名。研究所设有心内科（23病区、30病区、CCU）、心外科（31病区、32病区、ICU）、心导管室、心脏超声诊断室、心电图室、卫生部病毒性心脏病重点实验室、中心实验室、心血管流行病统计室等临床和实验科室，拥有建筑面积达8442M2的十层心血管病大楼，总病床数220张，实验室面积约1200M2。拥有较为完善的医疗科研设施，有超低温冰箱、荧光显微镜、落地式高速离心机、台式高速冷冻离心机、定量PCR仪、三维重建仪、超声消融仪、立式电泳仪、高压电泳仪、分光光度计等30余件高级科研仪器设备。1980年起研究所被世界卫生组织指定为心血管病研究和培训合作中心，2002年被批准为上海市心血管病临床医学中心。其心脏内科被列为全国高等院校重点学科。病毒性心脏病实验室系卫生部重点实验室。

主要研究领域：心血管疾病流行病学和防治方面的研究，1. 冠心病的发病机理、诊断和治疗研究，包括流行病学、实验性动脉粥样硬化血液脂质的生化研究、X线造影诊断以及超声诊断学，冠心病的介入治疗，冠心病的血管内超声诊断，冠心病及其并发症的外科治疗等；2.从分子水平研究病毒性心脏病的发病机理、诊断和治疗研究，包括流行病学、病毒学、免疫学诊断、中西医结合治疗；3. 心力衰竭的基础以及临床研究；4. 心脏超声的研究，包括食道超声检查技术的应用、血管腔内超声, 多平面经食道三维重建超声显像、冠脉粥样硬化的超声消融；5. 心律失常的电生理诊断和电学治疗研究,以及人工心脏起搏技术的研究和临床应用； 6. 心脏瓣膜病的外科治疗、各种先天性心脏病的治疗、新型人造心脏瓣膜的研究及辅助循环的研究。 近年来开展冠脉搭桥的手术、心脏移植术（终末期心脏病外科治疗）及人工主动脉带瓣移植术等。

上海市心血管病研究所曾分别完成国家"七五"、"八五"、卫生部临床学科重点项目、上海市医学领先专业等市级以上课题50余项。目前正承担"973"“863”国家重点基础研究 、"十五"攻关、“211工程”、上海市心血管病临床医学中心、上海市医学发展基金重点项目、国家自然科学基金等课题20余项，科研经费达1200万元。近5年获得市级以上科技进步奖14项，出版专著9部，发表论文450余篇，获专利一项。

上海市心血管病研究所已培养博士后4人、博士77人、硕士77人，现在站博士后4人，在学博士生22人、硕士生32人。

上海市心血管病研究所受卫生部委托每年举办全国心内科学习班，至今已为26期。