山东微生物学会成立于1952年11月。第一任理事长孙绍谦、第二任理事长荆永志领导下，开展了建国初期的学会了作．1960年后在我国微生物学家王祖农理事长的带领下，学会工作有了较大发展。1978年后，学会更加规范化，先后召开了一届、二届、三届、四届会员代表大会，选举产生了各届理事会。一届、二届理事会由王祖农任理事长；三届、四届理事会由钱新民教授任理事长。现任理事会是第五届，张长铠任理事长。

历数50年来的巨大变化，山东微生物学会取得了快速发展。会员由最初的十儿名，发展到现在的1200多名。团体会员单位从无到有，现已发展到21个，在中国微生物学会所属的省级学会中成为颇具影响的一员。

学术交流是学会的根本任务，这项工作更为活跃。主办了一批规模较大的国内、国际学术会议，其中有“全国高校微生物教学与微生物产品开发信息交流会”、“全国第二届青年微生物学工作者基础微生物学学术讨论会”，“海峡两岸工业微生物技术产业化研讨会”、”第四届国际绿色化学学术会议”和山东微生物学会第一届到第五届学术年会等，都受到全省和全国的关注，产生了积极影响。

近几年来，不断提高学术活动的水平和质量，非常重视学术活动的开展。2001年初，学会提出重点学术活动课题《关于农作物秸秆综合利用．促进我省经济特别是农业经济发展的研究)，被列为山东省科协主持的重点学术活动项目的子课题进行调查研究》，取得了阶段性成果。

发挥学会的优势，围绕经济建设中的重大问题提出科学建议，努力搞好决策咨询．学会提交的“关于秸综合利用的建议”等受到省领导的重视，并提出落实措施。

学会领导思想比较解放，思路新，作风深入，能不断总结经验，积极进行科技服务，探索科技与经济结合的途径。1997年以来，积极开展‘厂会协作行动”，受到中国科协和国家经贸委的表彰。

多年来，学会一直在中国微生物学会、山东省科协评选省级先进学会中榜上有名，尤其是最近几年，连续被山东省科协评为先进学会。学会在基础与海洋、工业、农业、医学四个专业委员会中人才荟萃，近年来涌现出一批学有所长的青年学者与企业家。例如刘清泉、曲音波、田志剐、刘宗利、刘建军、孔健、许平、张玉忠等这些国家级、省级青年科技奖获得者。都已成为各专业委员会的学术带头人。韩金祥、王革、杨合同、李越中、池振明等青年学者也屡屡获得成就．学会挂靠单位山东大学生命科学学院亦建起了完整的学科发展体系，已成为我国微生物学科研与人才培养的重要基地。