寺座西向东，占地面积约4820平方米。平面呈方形，外有围墙环绕，东西长98米，南北宽48米。寺内主殿为被称为噶哇久尼的大佛殿，寺内正中有九层高，达28米的碉楼，楼顶用金顶，另有僧舍等建筑。一、二层为地下室及储藏室；三、四、五、六、七层为原来的建筑，八、九层是公元。杜康大殿位于古堡西侧，传为公元。。另寺中还珍藏有大量吐蕃时期手写经书和米拉日巴静修时戴在头顶上“多供”——石制酥油灯。五世达赖时，噶厦政府规定对该寺每一绕迥进行一次维修。公元1944年桑珠寺的活佛主持了该寺最后一次维修。这次维修以后，色喀古托寺开始了以格鲁派教法为主的佛事活动。

同时又名塞卡古多寺

现存主要问题

由于--地处洛扎县与不丹边境，当地气候超市，所以目前该文物点内大量木构件虫蛀，很多已成了粉末状。各种安防、消防设施落后，大大影响了文物保护工作的开展。“十一五”期间主要进行对古建筑、壁画保护与维修，以及电线改造和消防及排水设施的改建。