三都港是居中国东部沿海中点位置的港湾。该港经金梭门水道转南向穿过东冲口直通东海，海域面积40.06平方公里，港深10米以上，最深处达51米，一般为30～50米，鸡公山西侧深达110米。三都港是福建省6个能进5～10万吨级轮船的天然深水港之一。1986年，上海港口专家认为，仅其中城澳5.5公里的岸线，就可建10万吨级以上的泊位15个。中国科学院院长郭沫若考察三都港，有诗赞曰:“良港三都举世无，水深湾阔似天湖。”

三都港位于闽东三沙湾内三都岛南侧。是全国较早对外通商的港口，也是全国最大深水良港之一。

清康熙二十三年(1684年)在三都设税务口岸，道光三十六年(1846年)，英国人在三都港测绘海图，光绪二十四年(1898年)三沙湾辟为商港，三都岛为对外通商口岸，次年，设“福海关”。当时，英、法、美、德、日等13个国家21家公司，在三都岛设子公司或商行，占地划界，建码头、仓库、教堂等(美孚、德士古石油公司在黄湾和港口建专用码头，抗日战争中毁废)。光绪二十七年(1901年)，在海关附近建一小轮码头，后被台风所毁。

三都港西北沿霍童溪可通周宁、松溪、政和;西经虎浿达屏南、古田、建瓯;西南过飞鸾入罗源;北越白马门，抵达赛岐、福安;东北经盐田通霞浦。三都与南岸礁头通轮渡，经飞礁公路接国道北福线。船出东冲口，水天一色渺无涯畔，南北畅通。抗日战争前，三都是闽东地区物资吞吐的主要港口。1984年，经福建省人民政府批准，辟为国轮进口大宗物资的接卸地。

锚地　三都港海底为泥沙质，锚着力强，有许多良好锚地。三都锚地，在岛的南部，水深10～30米;三都岛西至橄榄屿之间锚地，水深5～10米，可停泊5000吨级轮船6艘，设有系船水鼓6具;青山锚地，水深5～10米;虎尾山鼻锚地，在山鼻的南方;覆鼎洋锚地，水深10～25米;官井洋锚地，与霞浦共有，水深40～49米，锚地区域达26.25平方公里。

三都港码头　三都码头属民用码头，在三都街东南侧岸边。清光绪二十七年(1901年)建造，民国3年(1914年)、9年和38年各修过一次。该码头为石块浆砌突堤，长60米、宽8米。涨潮时可停靠100吨级的机帆船。此外，礁头、虾荡尾、青澳、下龟鼻、南澳5处都有石砌的码头供船只停靠。

口岸吞吐量　三都港出口货物有茶、糖、粗纸、木材、毛竹、笋干、陶瓷器、水产品、食用菌等。进口有钢材、煤炭、水泥、化肥、农药、石油、布匹、粮食等。1986～1988年，由朝鲜、香港、印尼等进口的水泥、化肥共96829吨。1992年，港口货物吞吐量为5.2万吨。

孙中山先生曾在《建国方略》中计划建设三都港，但民国时期港口毫无建设，海轮均在海面锚泊装卸，由小船接运各处。

30年代，三都岛曾盛极一时，有“小上海”之称。抗日战争发生，外商撤离，民国28年(1939年)街屋为日军焚毁，民国29年9月5日、民国33年6月，又两次遭日军飞机轰炸，三都港市几乎夷为平地。

中华人民共和国成立后辟为军港，在岛上和南岸礁头建军用兼渡运码头，并修通礁头至飞鸾公路使其与福州至温州公路相连。

1949年，曾在原海关附近重建块石浆砌突堤泊位，长60米，涨潮可靠100吨级船；1962年又在岸边建块石斜坡20米，可泊75吨船；1983年围海建农贸市场，码头废。

1980年，在三都建块石突堤客运码头1个，长20米，靠泊能力100吨；在礁头建石砌斜坡泊位2个，长70米，靠泊能力20吨。水产部门于1975年、1984年分别在青山岛虾汤尾村和三都岛青澳村建石砌突堤泊位2个，共长100米。

70年代，在三都岛的秋竹村、南澳村，建成石砌斜坡长堤泊位2个，长100米，只供小船靠泊。

1984年，三都港被定为国轮进口货物接卸点。

1988年，三都港吞吐量为102871吨。