出现地在马来西亚首次爆发。先是猪群中大范围爆发，后传播给人，病人均为猪场或屠宰场工人。采取死亡病人脑脊液检查，RT-PCR证实为一种类似亨德拉病毒样病毒，但临床及流行病学均与亨德拉病毒不同，认为是一种新的病毒，取名为尼巴病毒。

传播动物狐蝠。鉴于尼巴病毒与亨德拉病毒有很近的亲缘关系，所以蝙蝠就成了首要的监测目标。马来西亚蝙蝠种类多样，包括至少13种食果蝙蝠和60多种食虫蝙蝠。对14个种324只蝙蝠血清进行检测，其中5个种(包括1种食虫蝙蝠)的21只蝙蝠有尼巴病毒中和抗体。后来又从黑喉狐蝠尿液内分离到尼巴病毒，进一步证实了狐蝠就是尼巴病毒的自然宿主。

对尼巴病毒的研究结果表明，这场病毒的爆发很可能与砍伐森林密切相关:森林面积减小、食物不足，迫使狐蝠从传统的森林生境中迁移到森林边缘附近的果园取食;而马来西亚有许多养猪场与果园毗邻，狐蝠污染的果实掉落到地上，被猪吃掉，从而把致命的病毒带到人类社会。

症状表现为起病急、发烧、头痛、行为改变、肌痉挛、心动过速，接着，病人开始昏迷，神经症状和体征进行性恶化，呼吸极度困难，不可逆性低血压及峰形发热。典型病人从发病到死亡仅6天。大部分病人为脑炎症状，少数出现非典型肺炎症状。

死亡率50%左右

传播导致成千上万头猪死亡，并在几周内传染给人，所感染的276人中有105人死亡。