南日群岛位于福建沿海及台湾海峡中北部，隶属于莆田市秀屿区的南日镇。其名称来源于该群岛的主岛南日岛，其他岛屿还有小日岛，赤山岛，大麦屿，东沙屿，东罗盘，西罗盘，鳌山屿，尾墩屿，鸟屿，鸡屿等。其中南日岛，小日岛，大麦屿，赤山屿等几个比较大的岛屿上面有人居住。

该群岛位置优越，西，北侧分别以南日水道，兴化水道以及海坛海峡南口与莆田市，海坛岛，福清市隔海相望，东南与台湾省相望。

南日岛古称南匿山，因山隐大海而得名．扼兴化湾咽喉，东濒台湾海峡，是福建省第五大岛，也是莆田市第一大岛，与湄洲岛并称姐妹岛。其离台湾新竹港72．89海里，离乌丘屿仅10．64海里,离石城只有七里。地理位置独特，是扩大对台、对外贸易的窗口；历来是军事重地，其南日水道更是海上交通要冲。

南日岛山海兼优，资源丰富。岛上花岗石储藏量达2亿立方米，有林面积1000多公顷，盛产石斑鱼、龙虾、鳗鱼、黄瓜鱼、蟹、红毛藻等100多种名特优水产品。现共辖17个行政村，总人口5.5万余人。

南日主岛东西长，南北狭，中间平坦。分为东半岛和西半岛．（原来南日岛为两个岛屿．后海湾变浅相接）．总陆地面积52平方公里，岛岸线总长66.4公里。它由111个岛礁组成，其中面积0．1平方公里以上的有18个，故有“十八列岛”之称。其中”乌丘屿”现属台湾省金门县管辖。