玛柯河重口裂腹鱼国家级水产种质资源保护区总面积为542公顷，其中核心区面积为294公顷，实验区面积为248公顷。核心区特别保护期为5月15日-8月15日。保护区位于青海省果洛藏族自治州班玛县境内的玛柯河，范围在东经101°6'46″-100°47'15″，北纬32°40'27″-32°50'36″之间。核心区位于仁钦果（100°50′29″E，32°45′49″N）至哑巴沟口（101°04′13″E，32°41′13″N），河道长49km，平均宽60m，面积为294公顷。实验区包括三段，第一段位于亚尔堂乡政府所在地（100°47′15″E，32°45′18″N）至仁钦果河段（100°50′29″E，32°45′49″N），河道长31km，平均宽60m，面积186公顷；第二段位于哑巴沟口（101°04′13″E，32°41′13″N）至格日寨（省界友谊桥）（101°06′36″E，32°04′43″N）河段，河道长7km，平均宽60m，面积42公顷；第三段位于支流子木达沟（100°52′41″E，32°50′36″N），在仁钦果（100°50′29″E，32°45′49″N）汇入玛柯河，河道长10km，平均宽20m，面积20公顷。主要保护对象为重口裂腹鱼，其他保护物种包括川陕哲罗鲑、黄石爬鮡、齐口裂腹鱼、大渡裸裂尻鱼、麻尔柯河高原鳅、水獭、西藏山溪鲵等。