词条 | shRNA真核表达载体构建 |
释义 | 构建的shRNA真核表达载体或者mirshRNA真核表达载体,由于载体上均带有LR同源重组臂,所以这些载体均可作为YRBIO腺病毒包装系统中的穿梭载体使用。如果目的细胞质粒转染效率较低,则可直接以这些载体为基础包装腺病毒,利用腺病毒感染目的细胞。 YRBIO-shRNA表达系统作为RNA干扰实验的第一步,靶位点的选择,以及相应的shRNA表达载体构建,是整个RNA干扰实验的重中之重。靶位点选择恰当,shRNA干扰效率高,整个RNA干扰实验就能够事半功倍,否则,就会做许多无用功。 shRNA表达载体构建后均可作为YRBIO腺病毒包装系统中的穿梭载体使用。如果目的细胞质粒转染效率较低,则可直接以这些载体为基础包装腺病毒,利用腺病毒感染目的细胞。 目前,有许多免费软件或网站能够提供靶位点选择及shRNA序列设计,但是这种免费软件算法落后,设计出的shRNA序列有效率只有25%~30%左右。与之相对应的,是一些商业化软件,或者现成的商业化shRNA库,由于其算法先进,设计原则合理,其提供的shRNA序列的有效率通常能达到75%以上,亦即可以达到每四条shRNA有三条有效。 基于以上,YRBIO系统在国内率先引进代表RNA干扰领域全球顶尖水准的TRC(The RNAi,RNA干扰协会)开发的TRC shRNA库。该库针对人、小鼠、大鼠等数万个基因,每个基因提供3~5条shRNA(已构建至载体上),总数达五万多条,且数量还在不断增加。经过大规模实验验证,其中超过75%均为有效shRNA,其干扰效率均大于70%(大多数超过80%)。 以此shRNA库为基础,针对每个基因,可提供3~5条高质量的shRNA序列,并且构建到shRNA真核表达载体上。由于此数据库中的shRNA序列有效性超过75%,亦即理论上来说,每一套shRNA克隆中,必定至少有一条shRNA的干扰效率超过70%。右图为携带绿色荧光的shRNA真核表达载体pYr-1.1-hU6-EGFP质粒图谱 (attL1和attL2为腺病毒重组位点)。 只需事先了解需要干扰的目的基因,我们就会为您从数据库中调取相应的shRNA序列信息,然后,您可以选择合适的shRNA表达系统来表达shRNA,进行RNA干扰实验。 选择需要干扰的目的基因,从数据库中调取相应的shRNA序列信息,然后,选择合适的shRNA表达系统来表达shRNA。 YRBIO系统目前提供的shRNA真核表达载体,共有hU6、mU6、hH1、h7SK等四种polIII型启动子可供选择,可选择携带荧光(包括绿色荧光、红色荧光)或不携带荧光。除此之外,还提供mirshRNA真核表达载体,可以进行mirshRNA真核表达载体构建。 利用腺病毒的高感染效率、高表达效率,更好地进行RNA干扰研究实验! 既可以用来当普通的shRNA真核表达载体用,同时又是穿梭载体,可以拿来包装腺病毒,而且其干扰有效性、干扰效率大部分都超过 80%! 选用YRBIO-shRNA表达系统,具有如下优点: (1)shRNA序列数据依然来自国外成熟shRNA数据库,质量有保证。RNA干扰效率的高低主要取决于靶位点的选择、shRNA序列的设计,而由于YRBIO所采用的shRNA序列来自国外成熟shRNA数据库,算法先进,靶位点成功率高,所以shRNA的干扰成功率非常高。 (2)您可以选择构建一条或者多条,灵活度高。 (3)多种启动子,有荧光或无荧光,绿色荧光或红色荧光等可自由选择,以更好地配合后续实验。 (4)载体可作为普通shRNA表达载体使用,亦可作为腺病毒包装系统的穿梭载体使用,以进行腺病毒包装。 右图为不携带荧光的shRNA真核表达载体pYr-2.1-hU6质粒图谱(attL1和attL2为腺病毒重组位点)。 原装进口shRNA表达系统此shRNA数据库亦有一套原装进口的shRNA表达系统相匹配,针对每个基因的一套shRNA序列均已构建至相应的shRNA表达载体上,可直接使用,整套产品均为原装进口。 此系统中,装载shRNA序列的真核表达载体,同时也是YRBIO第三代慢病毒包装系统中的穿梭载体。也就是说,如果目的细胞质粒转染效率较低,那么只需相应的慢病毒包装系统中的包装质粒、转染试剂、293T包装细胞,便可以将这些shRNA包装慢病毒,利用慢病毒的高感染效率、高表达效率、长期表达特性,更好地进行RNA干扰研究实验! 右图为shRNA真核表达载体pYrbio-LT-1质粒图谱 选用原装进口shRNA表达系统,具有: 优点: (1)原装进口产品,未做任何改动。 (2)装载shRNA序列的真核表达载体,同时也是慢病毒包装系统中的穿梭载体,可用以包装慢病毒。 缺点: (1)载体上没有荧光标记。 (2)载体骨架稍微有点大,有7K左右。 TRC及TRC shRNA库TRC(The RNAi,RNA干扰联盟)是由麻省理工学院和Harvard牵头建立的合作机构,包括Massachusetts General Hospital、Harvard Med school、Dana Farber Cancer Inst、The Broad Institute、Whitehead Institute、MIT、Academica Sinica (Taiwan)和另外5个国际性组织,代表着RNA干扰领域的全球最顶尖水平。该组织计划在3年内构建数量达15,000个人类基因和15,000个小鼠基因的shRNA文库。第1版的TRC shRNA文库包括35,000 shRNA克隆(其中人类基因有5300个,小鼠基因有2200个),其它新构建的克隆每个季度会陆续公布。 |
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