Ri质粒是在发根土壤杆菌细胞中存在的一种染色体外自主复制的环形双链DNA分子。它控制不定根的形成，可作为基因工程的载体。

发根农杆菌质粒上T-DNA区有冠瘿碱合成基因,可在发根瘤组织细胞内合成冠瘿碱。根据冠瘿碱的种类, 可将Ri质粒分为三类①甘露碱型, 合成甘露碱、甘露碱酸、农杆碱酸和农杆碱素, ②黄瓜碱型, 合成黄瓜碱③农杆碱型, 合成农杆碱、农杆碱酸、甘露碱、甘露碱酸和农杆碱素。