清王朝在蒙古地区，大力提倡喇嘛教，对在社会上影响力较大的上层喇嘛给予享有与世俗封建主同等的政治地位与权利。《理藩院则例》云：“喇嘛之辖众者，令治其事如札萨克。”清廷规定：喇嘛寺院距旗治500里以外，辖僧超过800名者，呼图克图（活佛）均给以印信，可享有独立的行政和司法权力。因此，蒙古地区各大寺院辖有领地和僧众者，清廷均将其编为喇嘛旗。

喇嘛旗的地位与札萨克旗基本相同，除不管军事外，对宗教事务和领地的行政、司法、税收、丁口管理等事项，均由寺院主持自行处理。寺庙的主持是清廷钦命和认可的活佛，实际就是喇嘛旗的札萨克。喇嘛旗也有与札萨克旗僚属类似的办理旗务的喇嘛执事，偏远地区或喇嘛和属众较多的寺庙所在地，设置一些喇嘛佐﹙苏木﹚，赋予喇嘛执事行政治理职权。

清廷在蒙古地区共建有7个喇嘛旗：

内蒙古锡埒图库伦札萨克喇嘛旗（今库伦旗）

喀尔喀蒙古的哲布尊丹巴呼图克图旗

额尔德尼班第达呼图克图旗

札牙班第达呼图克图旗

青苏珠克图诺门罕旗

那鲁班禅呼图克图旗

青海的察罕诺门汗旗