克孜勒苏河系突厥语，“克孜勒”是红，“苏”是水，意为“红水”。位于塔里木盆地西部，是喀什噶尔河的上游支流。克孜勒苏河春汛早，时间长，上游流经第三纪红泥岩石，河水中夹杂有大量红色细泥沙，颜色呈红色，为此历史上曾称之为赤河，克孜勒苏境内有克孜勒苏河穿境而过，故在克孜勒苏柯尔克孜自治州成立时，决定以作为自治州的名字。

克孜勒苏柯尔克孜自治州地处祖国最西端，新疆西南部，全州地跨天山南脉、昆仑山北坡交汇处的帕米尔高原东部、塔里木盆地西北边缘。国土总面积7.24万平方公里，其中山地面积占90%以上，有“万山之州”之称。