九广铁路公司（简称九铁公司，英文：Kowloon-Canton Railway Corporation，KCRC），为香港特别行政区政府全资拥有的空壳公司。九铁公司在1982年12月24日至2007年12月2日（约25年）负责经营香港其中一个铁路网络—“九广铁路”，及经营货运业务及管理旗下物业。两铁合并后，公司所有业务转由香港铁路有限公司经营，所以现时已经没有任何业务。九广铁路公司只继续出租合并后余下的物业资产，于2008年，出租只录得1,200万港元收入，而在连城广场保留的四层物业，九广铁路公司亦至2008年12月初租出其中两层。

历史(早期策划 战前发展 战后发展 车站增设 开拓新线 两铁合并)

合并前路线收费(八达通 单程票 其他车票 旅游套票)

运输业务(本地客运服务 城际客运服务 货运 接驳巴士)

非运输业务(物业发展 其他业务)

未来铁路发展(沙田至中环线（沙中线） 西铁支线（九龙南线） 其他铁路项目)

企业管治(外界对九铁管理局及其高层的非议 西门子事件 车底机件裂缝问题 2006年人事变动风波)

两铁合并

历史

早期策划

19世纪末，因香港及广州贸易频繁，港英政府与当时的满清政府商议兴建连接香港与广州的铁路。1898年，香港政府与当时的清政府达成协议，兴建一条连接九龙与广州的铁路，专营权归英方所有。而铁路按地域分成中英两段，分别由中、英两国政府负责兴建。1905年9月立法局通过兴建九广铁路后，香港政府便开始研究定线，并派出英国工程人员负责铁路测量工作。

当时九广铁路──英段有2个方案。第一个方案是由尖沙咀直接向北，穿越笔架山，然后沿沙田海及吐露港海岸到达边境。这个方案的好处是能够经过当时新界的行政中心大埔，但缺点是需要开凿长达2.4公里的笔架山隧道。另一个方案是由尖沙咀向西北沿海岸而行，经过荃湾及青山湾海岸，再北上屯门及元朗到达边境。这个方案的优点是只须开凿数条较短的隧道，技术上较首方案简单得多，可是这个定线所经之处比较荒芜，而且路程也较首方案长。最终，港英政府最后接纳第一个方案。

1906年，全长35.4公里的英段开始动工，而全长143.2公里的华段亦于1907年展开建筑工程，满清政府更邀得中国铁路专家詹天佑成为华段的总工程师。九广铁路──英段兴建初期使用了轨距为610毫米的路轨，但工程中途便全面改用轨距为1435毫米的标准路轨。工程需要兴建不少桥梁和基堤，以及5条隧道，当中包括最长的笔架山隧道。这条隧道是当时亚洲规模最庞大的工程，花了3年时间才完工。由于当时施工环境恶劣，工程期间有超过50名工人死于隧道内。

1910年10月1日，耗资130万英镑的九广铁路──英段落成启用。启用仪式原本由两广总督和香港总督在罗湖主持，但由于中方最后决定派出次一级的官员，英方最后也只派出香港辅政司主持启用仪式。当时英段属单线系统，火车由蒸汽机车拖动，车站则包括尖沙咀站、油麻地站、沙田站、大埔站（其后改称大埔滘站）及粉岭站5个车站，同年增设大埔墟旗站。另一方面，由于尖沙咀站尚未完工，所以在1913年之前，临时总站设于梳士巴利道。

1911年10月5日，来往香港与广州的港穗直通车也随华段建造完成而正式投入服务。通车初期，每天开出两班，行车时间约四个多小时，座位分为头等及二等，票价分别为5.4银元及2.7银元。

战前发展

1911年4月，香港政府接纳大埔理民府建议，修筑一条由粉岭通往沙头角的支线，是为沙头角支线。兴建工程所使用的物资，主要是之前于九广铁路──英段拆下来的610毫米轨距路轨。1912年4月1日，沙头角支线正式落成通车。支线全线单轨行车，全长11.67公里，设有5个车站，客货运两用。

1913年，为方便使用上水高尔夫球场的乘客，九广铁路在上水增设停车点。同年直通车进行提速，来往九龙及广州的时间缩短至3小时40分钟。

1914年列车开始使用尖沙咀站月台，整个车站亦于1916年全面启用。

1919年，何文田增设了停车点。1923年发生省港大罢工，令直通车服务一度中断，至1927年才恢复正常。

1928年4月1日，因为之前一年沙头角公路落成启用后，令乘搭铁路的乘客大幅减少，沙头角支线正式停办。

1930年，中国的内战导致九广铁路直通车中断运作。1935年，大围车公庙增设停车点，但于翌年停用。1937年8月，九广铁路增加九龙至汕头的直通车服务。 同年抗日战争开始，九广铁路──华段因些经常受到日军空袭，在工程人员努力抢修下，九广铁路只能维持有限度服务。1938年10月12日，九广铁路──华段其中一条铁路桥被严重炸毁，使直通列车服务全面停顿。同年10月21日广州沦陷，九广铁路──华段停止运作。1941年12月8日，日军开始进攻香港，英方炸毁九广铁路──英段不少设施，以阻碍日军前进，同年12月25日香港沦陷。日方于1943年完成修理整段九广铁路，重新复办来往香港至广州的直通车。另一方面，大部份原属九广铁路──英段的列车和设备被运到中国大陆使用，因此在香港重光时，只剩下2部机车和几个车卡。

战后发展

1949年10月14日，由于中国人民解放军进驻广州，来往九龙和广州的直通车便在政治原因下停驶。华段改以深圳火车站为终点站，成为其后的广深铁路。而英段则改以罗湖站为终点站。另一方面，香港政府兴建了粉岭至和合石坟场的和合石支线，并于每年的清明节和重阳节提供客运服务，平时则用作运送尸体的用途。

1955年9月5日，2辆柴油机车开始投入九广铁路──英段的服务，蒸汽机车终于在1961年8月全部被取代。

1973年，九广铁路──英段展开双轨化的工程。

1975年11月30日，九龙总站由尖沙咀海旁迁至红磡，尖沙咀总站在不久后便被拆卸，只保留钟楼（现为香港法定古迹，亦为尖沙咀地标之一），原址兴建香港文化中心，而路轨原址则兴建香港艺术馆、香港太空馆及新世界中心。另一方面，来往九龙至广州的直通车于1979年4月4日重新运作。

1978年，九广铁路──英段开始了全线现代化及电气化计划，耗资35亿港元，同年和合石支线因配合工程而停止运作。在此以前，即使人们只是来往九龙及沙田，已经是“大件事”了。

1981年4月26日，双轨设计的新笔架山隧道正式启用。

1982年5月6日，英段首阶段的电气化工程完成，九龙至沙田近郊线电气化列车正式启用。1983年5月2日，沙田至大埔墟段完成工程。大埔墟至罗湖段电气化工程于同年7月15日投入服务，并由当时的香港总督尤德爵士主持通车仪式。

车站增设

1982年，新旺角站启用，取代原有的油麻地站，而可与地铁转乘的九龙塘站亦于同年启用。

1983年，新大埔墟站和大围临时站启用，旧大埔墟站后来改建为香港铁路博物馆。

1985年，火炭站和马场站先后启用，而大围站和太和站则分别于1986年4月23日和1989年5月9日启用。

1982年之前，英段的管理属香港政府部门，称为九广铁路局，随着《九广铁路公司条例》于同年12月通过，九广铁路公司于1983年2月1日正式成立，自此脱离政府。公司由香港政府全资拥有，其运作则由管理局监察，管理局的成员由香港总督（回归后改为香港特别行政区行政长官）委任。

开拓新线

1984年10月15日，九广铁路公司接受乘客以“通用储值票”（前身为地铁公司的“储值车票”）付款。同年10月17日，公司接受政府邀请，在新界西北屯门区和元朗区建造和营运轻便铁路。

1988年9月18日，新界西北的“轻便铁路”投入服务。

1990年代，为配合香港兴建西部铁路走廊第一期（即后来的九广西铁），九广铁路公司将“九广铁路──英段”改名为“九广东铁”，“轻便铁路”则改名为“九广轻铁”。

1998年10月，西铁正式开始施工。同时积极扩展轻铁网络，将之转型为西铁的主要接驳交通工具。

为配合政府优先发展铁路的政策，九广铁路公司决定转型为规划、设计及建造大型新网络的机构。公司应政府邀请，就多条新铁路的兴建进行详细研究及提交建议书。这些新项目包括3条东铁支线：于大围接驳东铁的马鞍山铁路、红磡站至尖沙咀东部的支线、以及作为第2条过境铁路通道的落马洲支线。。

1978年实施全面双轨及电气化火车工程。

1982年5月6日，首阶段的电气化工程完成，九龙至沙田近郊线电气化列车正式启用。

1982年12月24日，《九广铁路公司条例》通过，包括成立九广铁路公司，使九广铁路正式脱离政府。此计划源于1981年，香港政府打算将营运九广铁路英段的九广铁路局由政府部门改为公共法团，以让新公司可以商业原则运作。新公司成立后，公司虽仍由政府全资拥有，但其运作则由公司自行处理，再由管理局监察，管理局的成员由香港总督（现在则是香港特别行政区行政长官）委任。

1983年2月1日，九广铁路正式改由九广铁路公司经营及管理。

1983年7月15日，沙田至罗湖段电气化工程也投入服务，由当时的港督尤德爵士主持通车仪式。

1984年，公司接受政府邀请，在新界西北区建造和营运轻便铁路。1988年9月，新界西北区的轻便铁路投入服务。

1990年代为配合兴建西部铁路走廊，“九广铁路──英段”改名为“九广东铁”；轻便铁路则改名为“九广轻铁”。

为配合政府优先发展铁路的政策，九广铁路公司改组成为规划、设计及建造大型新网络的机构。公司应政府邀请，就多条新铁路的兴建进行详细研究及提交建议书。

1998年10月，西铁正式开始施工。同时积极扩展轻铁网络，将之转型为西铁的主要接驳交通工具。

其他新项目包括三条东铁支线：于大围接驳东铁的马鞍山铁路、红磡车站至尖沙咀东部的支线、以及作为第2条过境铁路通道的上水至落马洲支线。

2002年9月24日，政府邀请九广铁路公司兴建及经营九龙南线。

2002年6月25日，政府宣布九广铁路公司投得沙田至中环线(沙中线)的兴建与经营权。

2003年12月7日，轻铁位于天水围的2段新支线通车，两条新支线共长4.4公里，设有11个新车站。

2003年12月20日，历时5年建成的西铁正式启用。

2004年1月3日，在与政府重新审查过九铁整体规划，九铁宣布会搁置沙中线，而会用沙红线代替。新铁路的走线会和原来的沙中线相若，但不会过海，而是改经黄埔再转入红磡站，然后经过南环线连接西铁；而原来的东铁会南延过海到中环，使东铁和西铁形成一个在红磡转车的十字型路线。

2004年10月24日，九广东铁尖沙咀支线正式启用，列车从红磡站延至尖东站为终点。

2004年12月21日，马鞍山铁路正式通车。

2005年11月6日，九龙南线正式动工。

2006年4月11日，香港行政会议通过九广铁路公司和地铁有限公司的合并方案。

两铁合并

主条目：两铁合并

政府计划把地铁有限公司与九广铁路公司两组铁路网络营运合并。2004年2月24日，政府邀请地铁公司及九铁公司就合并计划进行商讨，预计6个月内完成磋商，可望于2005/06年度落实两铁合并安排。对此，社会各界有不同看法。有人认为合并后可节省行政开支，使票价有下调空间；铁路网络将会统一，使新铁路综合转乘能力增强；减少铁路网络出现路线重叠的情况，从而减少浪费纳税人金钱。有人却认为合并会令该系统成为“独立王国”，造成垄断局面。

2006年4月11日，香港行政长官曾荫权公布，行政会议通过两铁合并方案，决定将九广铁路公司多条铁路、接驳巴士和物业的经营权转交地铁公司50年（可延长），提供一连串车费减免方案（包括取消转车闸费及引入“可加可减机制”），并尽早处理沙中线转车问题及除部份两铁转车站转车闸机。只等待地铁有限公司股东同意，两铁合并即会落实。

2007年10月9日，地铁公司股东特别大会通过两铁合并方案，两铁将会在2007年12月2日正式合并，宣告九铁公司将结束其所有业务。

2007年12月2日，九广铁路公司的业务正式合并致香港铁路有限公司营运。公司所有铁路资产，以服务专营权方式授予港铁公司使用；所有物业等其他业务，则出售予港铁公司营运。九广铁路公司由成立开始计，历经25年后停止营运所有铁路、物业等业务。

合并前路线收费

九广铁路公司的收费主要分为成人和特惠两种。成人车费适用于所有乘客，3-11岁的小童和65岁或以上的长者则可缴付特惠车费乘车，而由缴费乘客陪同的3岁以下儿童无须缴费。乘坐九铁网络的乘客常用的车票包括八达通和单程票，另九广铁路公司亦设有多款其他车票，包括西铁自悠通、九铁本地线乘车证等。

九铁网络采用综合收费系统。乘客如乘搭超过一程车，多数情况下都只需付出车费最高的一程车资，其前后的各一程车都被视为接驳用途（需符合如车费上限及时间的限制），不另收费。

八达通

主条目：八达通

八达通是香港其中一种电子收费系统，由地铁有限公司于1997年推出，卡片的大小和信用卡相同，内置芯片，使用时把卡片放在接收器上即能完成付款过程。使用八达通的乘搭九铁网络可享受优惠，车费比使用单程票便宜。八达通未通用前，部分优惠以派发及出示转车券给予，部分更无法做到。使用八达通之后，多数复杂的转车组合都能准确计算车资。

此外，“东铁全月通”和“西铁全月通”的优惠都透过八达通卡使用，其月票记录在八达通的芯片内。

东铁全月通：乘客可以在指定月份无限次乘搭东铁普通等（罗湖、落马洲和马场站除外）和马铁列车，以及九铁巴士K12（星期日及公共假期除外）、K14、K16、K17、K18线。售价为每月380元。

西铁全月通：乘客可以在指定月份无限次乘搭西铁、轻铁、新界西北的九铁巴士，以及接驳时乘坐新巴701、702线、专线小巴81K、87K、95K线。售价为每月400元。

单程票

主条目：九铁单程车票和轻铁单程票

本地线的单程车票是一种附有磁带的车票，而轻铁单程票则是纸制车票，于东铁、马铁及西铁车站大堂或轻铁车站月台设有自动售卖机，供乘客在登车前购买。

其他车票

其他车票包括：

九铁本地线乘车证：乘客可以购票当天无限次乘搭东铁普通等（罗湖、落马洲和马场站除外）、马铁、西铁、轻铁、九铁巴士（星期日及公众假期不可乘坐K12），售港币30元。

九铁罗湖线乘车证：乘客可以购票后30天内乘搭东铁普通等或马铁来回罗湖或落马洲站一次，包括在各项旅游套票内，不设独立发售。

落马洲周票：持票乘客可于一星期内乘搭东铁（普通等）来往落马洲站12次，售港币240元。

西铁自悠通：前身为西铁节日通及西铁学生全日通，乘客可以在购票当天无限次乘搭西铁、轻铁、新界西北的九铁巴士、东铁接驳巴士K16线，售港币20元。

旅游套票

九铁游客套票：包括九铁网络本地线乘车证和九铁过境路线乘车证，售港币80元。于2005年5月16日推出，至2007年4月1日停止发售。

香港全接通乘车套票：包括九铁过境路线乘车证及游客地铁一天乘车证换领券。

海洋公园 - 九广铁路逍遥特惠套票：包括九铁本地线乘车证或九铁过境路线乘车证、穿梭巴士券及海洋公园日间门票。另有设不包括门券的套票。

九铁快线 - 迪士尼乐园本地线好玩套票：已于2007年11月1日起停止发售。

新渡轮（澳门）- 九广铁路“澳门尊尚”套票。

运输业务

本地客运服务

截至2006年，九广铁路公司共营运4条本地铁路系统：

①东铁

东铁来回尖东至罗湖，连接九龙南部与新界东各区。该段是九广铁路的一部分（由罗湖至尖沙咀），原称九广铁路（英段）。1949年后，该段发展本地客运业务，发展成现时的规模。南端总站曾经改至红磡，及后再延长至尖沙咀地底的尖东站。

现时，乘客可选择在九龙塘或尖沙咀转乘地铁。当2009年西铁九龙南线通车后，东铁会缩短至红磡，而尖沙咀支线就会并入西铁。

②西铁

西铁是九广铁路公司第一条自行兴建的重铁路线，于2003年12月20日启用，从深水埗区的南昌站开始，途经葵青区（但不设站）及荃湾区海傍（荃湾西站），连接新界西北的元朗区及屯门区，全长30.5公里。现时使用中的第一期共有9个车站，当中有6个转车站供转乘地铁及轻铁。除荃湾西站完全建于地底之外，所有车站均建于地面或高架桥之上。第二期的九龙南线正在兴建中，将路线南延至尖东站，使西铁延伸至红磡站。

③马铁

全称马鞍山铁路的马铁，是东铁系统内的支线。既是沙田区内新的运输系统，也大大方便沿线乘客经东铁前往九龙或罗湖。马铁于2001年2月12日开始施工，2004年12月25日正式启用，从沙田区的大围开始，途经位于城门河以东的乙明邨及博康邨等公共屋邨、威尔士亲王医院、沙田第一城、石门工业区，最后进入马鞍山新市镇，以乌溪沙为终点站，贯通沙田城门河东岸及马鞍山新市镇。全长11.4公里，全程行车时间16分钟。沿线共有9个车站，当中大围站会与东铁汇合，成为唯一的转车站。马铁大部分路段以高架桥的方式兴建，只有中间一小部分建于大老山公路中央分隔带的地面上。

④轻铁

于1988年启用的轻铁，来回屯门及元朗之间，贯通整个新界西北区，是区内的主要交通工具。其中屯门区内的路段最多，可到达新市镇内大部分地方；元朗方面则有一条依青山公路、一条伸延天水围和围绕天水围的路段。

西铁启用后，轻铁的主要任务由区内运输改为为西铁提供完善接驳服务，但区内运输的地位并没有减退。

⑤东铁支线（落马洲支线）

随著政府于2002年6月14日正式通过兴建落马洲支线，工程已于2003年1月9日正式展开，于2007年7月至8月完成。支线全长7.4公里，由东铁上水车站向北分支，沿西北方向伸延，直达落马洲的新车站，乘客可在该站完成过关手续后，直接转乘深圳地铁四号线。支线落成后，将会是第二条连接深圳的过境铁路。

城际客运服务

城际客运服务曾经是九广铁路公司最重要的服务之一，而且是当年兴建九广铁路的主要原因。可是东铁的本地客运大幅扩张，使直通车不论增加班次或缩短行车时间上都遇上困难，可能要等待广深港高速铁路通车方有改善。目前共有三条直通车路线，在香港境内都沿东铁的路线行走，分别是每日12班的粤港直通车（广东线），和每两日一班的京九直通车（北京线）及沪九直通车（上海线）。城际客运服务(直通车)

货运

铁路货运是九广铁路公司另一重要服务。九广铁路公司是唯一和中国大陆有铁路货运联系的香港公司，主要业务有货柜运输、一般货运（平板拖卡）及牲口运输，来往远至乌鲁木齐的大陆城市。在上水屠房运作以前，载着生猪的列车（俗称“猪车”）经过车站时留下的气味是不少人的童年回忆。

来往中国大陆的平邮邮件亦是由位于红磡货场的国际邮件中心处理。

接驳巴士

九广铁路公司于1985年起开始提供巴士服务，称为接驳巴士。本来九铁是为方便距离东铁车站较远的乘客前往铁路车站转车，而设立免费接驳巴士往返各主要屋苑与东铁车站。期后兴建轻铁时，政府在新界西北划定轻铁专区，不容许其他公司经营区内巴士路线，九铁遂开始在该区经营接驳轻铁（现在也包括西铁）的接驳巴士路线。

接驳巴士采用综合收费系统，铁路乘客持八达通而转乘接驳巴士或乘接驳巴士后转乘铁路，车费较低之一程可获免费优惠。若乘客只乘坐接驳巴士而不乘搭东铁、西铁或轻铁，则须缴付巴士车资。

非运输业务

九广铁路公司也有经营一些非运输业务，但这些都跟运输有一定关系。

物业发展

九广铁路公司发展多个住宅、商场及办公室物业，全部均是铁路沿线的地点，如车站及维修中心的上盖或附近。这些包括：

·银禧花园（沙田）

·新屯门中心（屯门）

·新元朗中心（元朗）

·海翠花园及其商场海趣坊（屯门）

·恒福花园（屯门）

·骏景园（沙田）

·新世纪广场（旺角）

·连城广场（沙田）

·国际都会（红磡）

除发展的物业之外，车站内也经营商店，带来了租金收益。

其他业务

广告业务包括在车站及车厢内各式各样的广告，在灯箱及车窗等的位置。

商务展览是一项规模较少的业务。商品或服务在车站里展示或推广，因为车站人流不断，所以效果也不错。

新闻直线是于2005年8月推出的新服务，在所有重铁（东铁、西铁及马铁）车厢内播放包括新闻资讯、铁路安全讯息及广告的连续片段，让乘客在旅程中得知最新资讯，同时带来广告收益。

未来铁路发展

沙田至中环线（沙中线）

计划中的路线分为三大部分：大围至钻石山铁路线、东九龙线及第四条过海铁路。整个计划由沙田区的大围开始，穿过大老山到达钻石山，再沿东九龙线前往启德新发展区、土瓜湾到达红磡。与东铁交汇后，再经由第四条过海铁路到达香港岛的铜锣湾，最终以中环为终点站。全长17.1公里，将会兴建10个车站。建成后，将会是九铁第一次有载客列车驶到香港岛，与地铁作正面竞争。可是，由于两铁合并在即，本线将于不久将来作出发大变化，并磨合两铁的现有系统再作规划。

西铁支线（九龙南线）

九铁公司正在兴建的这条支线，从西铁的南面总站南昌站开始，向南延伸，经过西九龙，连接现时东铁的终点站尖东站，全长3.8公里，共3个车站。延线建成后，西铁将可由屯门区连接到尖沙咀。届时红磡站会成为东铁和西铁的终点站，尖东站会改为九龙南线分站，隶属西铁。工程于2005年开始，预计2009年竣工。

其他铁路项目

·港口铁路线是一条货运铁路，起自拟建于葵涌货柜码头的港口铁路货运站，经东铁直达内地。这条铁路属九铁旗下铁路货运发展策略的一部份，九铁现正进行相关的工程及市务研究工作，并与内地合作单位积极商讨，就可能于深圳以北的平湖发展货运物流中心进行可行性研究。

·北环线是在新界北面，将东铁与西铁的北段加以连接，解决新界东北与西北地区对铁路服务的需求，同时亦将西铁与落马洲连接，方便过境旅客。

·广深港高速铁路香港段将来会由西九龙出发，经九龙南线、西铁及北环线前往位于深圳的新车站龙华火车站。2006年2月，香港政府邀请九铁就拟建的北环线及广深港高速铁路香港段以综合项目的形式作进一步规划。

企业管治

外界对九铁管理局及其高层的非议

虽然九铁管理局成员由香港特别行政区行政长官委任，但历来部份九铁管理局成员的处事手法，为外界所非议。

[“退休高官俱乐部”]

自从香港政府于1996年委任杨启彦担任九铁主席兼行政总裁以来，九铁就开始被外界冠上“退休高官俱乐部”的恶名，原因是由于当时九铁主席以及行政总裁是由同一人出任，故此九铁主席有绝对的控制权。时任九铁主席的杨启彦，甫上任便安排詹伯乐、梁国新、丘李赐恩等前香港政府官员加入九铁，而九铁主席更可以自行厘订薪酬。另外，当九铁要求加价之时，有传媒揭发了九铁管理局以公司名义，独享三艘游艇、八辆名贵私家车、四十多个公司俱乐部会籍等奢侈而非必要的福利，为外界所非议。

政府有感该等问题日渐严重，如同“独立王国”。为此，政府于2001年修订《九广铁路公司条例》，将主席及行政总裁交由两人出任，以加强政府对九铁的管治，并于同年12月委任田北辰为九铁主席，而杨启彦则为行政总裁。

西门子事件

九广西铁一份2亿8,700万元的电讯系统工程因承建商西门子公司未能按进度进行，九铁公司被揭发不但没有索偿，反而要额外付款1亿元予承建商延续工程，以期不致拖延通车。

车底机件裂缝问题

2005年12月21日，东铁一列南行列车驶至火炭站时，车底的冷气压缩器支架松脱，九铁公司其后检查全列车的116个压缩器，共发现9个压缩器支架出现裂纹，但没向政府汇报。九铁公司于事件在2006年1月嚗光后已为所有压缩器加上尼龙索带及U形托架承托以防止松脱。但其后再发现有80个车底部件有裂纹经过初步调查之后发现东铁列车在2003年改用自动列车运转装置（ATO）后，对列车组件增加达1倍的压力。而且部分焊接位焊接不妥，要铲走油渍才发现裂纹。另外，车轮与路轨的接口并非完全吻合而产生震动，令列车悬挂系统可能产生裂纹。九铁公司主席田北辰于2006年1月14日表示，管理局将每晚开会，确保东铁可以安全行驶后才会开车，并承诺如再有主要组件或其捆绑的尼龙索带松脱，九铁公司将即时决定东铁全线停车。最后，九铁公司于2006年1月15日获政府批准，使东铁恢复以人手操作，但东铁由罗湖到尖东的行车时间会增加1.5分钟，而早上繁忙时间的班次将由每小时24班减至23班，其后更一度减到每小时21班。

2006年人事变动风波

3月10日，九铁署理行政总裁黎文熹连同全部5名总监及19名总经理，去信管理局，指主席田北辰在九铁内部干预过多、要求透明度过高及过分问责，形成一种“责难文化”，并在两日内收集到八成员工逾3000个签名。

3月11日，行政长官曾荫权和田北辰会面。在3月12日下午，田氏召开记者会，宣布辞职，但生效日期由曾荫权决定。

3月14日，九铁管理局召开特别会议处理事件，田北辰和黎文熹均有出席。当日下午2时，以九铁市务总经理黎启宪为首的20名九铁高层人员集体请假，到位于中环的九铁总部召开特别会议的会议室旁的房间召开记者会，声援黎文熹及支持田北辰辞职。会后环境运输及工务局局长廖秀冬博士宣报会议取得有建设性的进展。

3月15日，曾荫权、廖秀冬、田北辰和黎文熹在政府总部召开记者会，宣布田北辰将留任九铁主席，田黎二人更四手相握以示和好。曾荫权并指出九铁出现严重纪律问题，故他已下令九铁管理局处理事件。

3月16日，九铁宣布黎启宪被解除合约，其余19名请假出席记者会的管理层获发警告信，如一年内再犯则解雇。同时黎文熹宣布为九铁出现严重纪律问题负责而辞去署理行政总裁一职，由曾任新铁路工程高级总监的詹伯乐出任署理行政总裁。

两铁合并

为提高香港铁路运输系统的效率，政府正计划把九铁与地铁合并。2004年3月，政府邀请两间公司就合并计划进行商讨，预计6个月内完成磋商，可望于2005/06年度落实两铁合并安排。对此，社会各界有不同看法。有人认为合并后可节省行政开支，使票价有下调空间。有人则认为合并会令该系统成为“独立王国”，造成垄断局面。

2006年4月11日，行政长官曾荫权宣布，行政会议通过地铁及九广铁路的合并方案。政府落实合并方案，初步准备由地铁租用九铁资产的模式，全权负责合并后的日常营运工作。

方案声称合并后可提高铁路网络的效率，减少服务重叠；两铁合并后的首天即时减价，中途车费减幅最少5%，长途车费减幅最少达1成，预计每天约280万人次受惠，但实际的减价幅度仍没有公布。

名义上二合为一的两个铁路系统，实际上日后的九铁变成了港铁公司。