焦岗湖芡实国家级水产种质资源保护区面积1000公顷，其中核心区700公顷，实验区300公顷。核心区特别保护期为每年的5月1日-10月31日。保护区位于安徽省淮南市毛集实验区的焦岗湖，范围在东经116°33′-116°40′，北纬32°34′-32°37′之间。东至便民沟口（116°39′32″E， 32°35′48″N）；西至万岗南1500米处（116°33′54″E， 32°36′12″N）；南至桥口涵西700米处（116°37′37″E， 32°34′44″N）；北至君王涵（116°35′03″E， 32°36′54″N）。保护区由东西两个区组成，保护区东区560公顷，范围从王郢孜南1800米（116°38′26″E， 32°36′24″N）至西湾站100米处折点（116°39′34″E， 32°36′13″N），向南至便民沟口处折点（116°39′32″E， 32°35′48″N），向南偏西至孙台涵处折点（116°38′57″E， 32°35′00″N），向西至乔口涵西700米处折点（116°37′37″E， 32°34′44″N），向西北1400米处折点（116°36′29″E， 32°35′16″N），向东北至王郢孜南1800米处止。保护区西区440公顷。范围从君王涵（116°35′03″E， 32°36′54″N），向西至唐家沟涵处折点（116°34′28″E， 32°36′49″N），向西南至万岗南1500米处折点（116°33′54″E， 32°36′12″N），向南至南中心沟处折点（116°34′16″E， 32°35′27″N），向东1600米处折点（116°34′43″E， 32°35′32″N），向北至君王涵止。其中东核心区380公顷，从王郢孜南1800米（116°38′26″E， 32°36′24″N）向东南至便民沟口西1300米处折点（116°38′58″E， 32°35′49″N），向南偏西至孙台涵处折点（116°38′57″E， 32°35′00″N），向西至乔口涵西700米处折点（116°37′37″E， 32°34′44″N），向西北1400米处折点（116°36′29″E， 32°35′16″N），向东北至王郢孜南1800米处止。西核心区320公顷，从君王涵（116°35′03″E， 32°36′54″N）向西至唐家沟涵处折点（116°34′28″E， 32°36′49″N），向西南至南中心沟处折点（116°34′16″E， 32°35′27″N），向东1600米处折点（116°34′43″E， 32°35′32″N），向北至君王涵止。核心区以外为实验区，面积300公顷。主要保护对象为以芡实为主的水生生物种质资源（包括野菱、莲藕、芦苇等）。