兼性厌气细菌是在生命活动过程中既能进行有氧呼吸也能进行无氧呼吸的细菌。如酵母菌，体内含有两种呼吸酶系统，一种是有氧呼吸系统，另一种是酒精发酵系统。在有氧条件下进行好气呼吸，繁殖旺盛，但产生酒精少；在无氧条件下进行厌气呼吸，繁殖较弱，但产生酒精较多。还有一些特殊的兼性微生物，在有氧条件下进行有氧呼吸，在缺氧条件下不进行无氧呼吸，而是在特殊酶的作用下从环境中存在的特殊氧化物中获得氧气，如反硝化细菌和硫酸还原菌等。