1990年, 科学家利用转座子突变的方法从金鱼草中分离并克隆出同源异型基因DEF（Deficiens）。研究发现，该基因编码的蛋白质与两个己知的转录因子，哺乳动物的SRF (serum response factor)和酿酒酵母中的MCMI (minichromosome maintenance gene) 的一个保守区域有很高的同源性，这一区域参与二聚化和与DNA的结合，在推测的DNA结合区，单个的氨基酸突变均会导致蛋白质与DNA的结合能力下降，并导致表型发生改变，说明DEF基因可能编码一个具有调控功能的DNA结合蛋白。同年，通过该方法又从拟南芥中克隆了同源异型基因AG ( agamous)，它编码的蛋白质与上述转录因子具有高度的序列相似性，即均在N端含有一个约57个氨基酸的保守区域。因此，人们根据这四个基因的名字的第一个字母，将该保守区域命名为MADS box区(MADS box domain)，并将具有该区域的基因统称为MADS-box基因。