从基因作用来分析，基因型方差(vg)（即遗传方差）可分解为三个部分：加性方差（VA）,显性方差（VD）和上位性方差（VI）

基因加性方差（VA）是指同一座位上等位基因间和不同座位上的非等位基因间的累加作用引起的变异量。

显性方差是指同一座位上等位基因间相互作用引起的变异量，上位性方差是指非等位基因间的相互作用引起的变异量。显性方差和上位方差又统称为非加性的遗传方差。因此有：

Vg=VA+VD+VI