基因岛是有横向起源迹象的一部分基因组。一个基因岛可以与多种生物功能相关，能与共生或病原机理相关，与生物体的适应性相关等。基因岛的许多亚分类基于它们所表现出来的功能，如病原性基因岛（PAIs）与致病原机理相关，抗生素抗性基因岛包含有许多抗生素抗性基因。碱基分析与系统发育判断表明，横向基因转移（转化、结合、转导）导致相同的基因岛出现在亲缘关系较远的相关物种中。

许多III型分泌系统和IV型分泌系统位于基因岛内，这些基因岛根据它们的大小（>10kb）、与tRNA编码的基因相互影响频率及与基因组其他区域相比不同的GC含量来描述。许多基因岛还有来源于外源基因如噬菌体与质粒的移移动元件，两侧连有重复结构，另一些能自我剪切并转到其他合适的受体内。