皇龙寺始建于新罗真兴王14年(553年)，历时17年，于569年正式完工。1238年遭遇蒙古入侵而化为灰烬。1969年7月，在调查当地的讲经阁过程中，发掘出金堂、讲堂、以及塔址的基石。1976年，经过17个月的挖掘过程，韩国最大的寺庙－皇龙寺址出土，皇龙寺的规模相当于佛国寺８倍，面积大约为8,800坪左右。目前皇龙寺址被指定为韩国第六号历史遗迹。

另外，在微软公司的《帝国时代2－征服者游戏》中，皇龙寺作为高丽的奇迹出现。