化学信息学（Chemoinformatics）是应用计算机科学和技术、信息学、数学理论和方法，并与化学理论和化学事实相结合，辅助化学家开展化学研究的交叉科学。

化学信息学中“信息”有三层含义，其一主要是指分子、结构、反应、性质、数据、控制、资源等化学特征信息；其二是指这些化学信息在信息科学和信息理论的表达方法；其三是指化学信息在各种媒介载体中的记录和查找方法。

这门新学科是在化学计量学(chemometrics) 和计算化学(computational chemistry) 的基础上演化和发展起来的。化学信息学一词首次提出于1987年诺贝尔化学奖获得者J.M.Lehn教授的获奖报告中。