华东理工大学生物工程学院成立于1996年，其前身是1954年国内最早的抗生素制造工学专业，1980年调扩为全国最早的生化工程专业，并与生物化学专业合并成立生化工程系。1991年被批准授予全国第一个生物化工博士点、1991年被批准筹建生物反应器工程国家重点实验室，1995年通过验收、1996年成立国家生化技术工程研究中心（上海），2001年正式通过验收、1996年被批准为上海市教委重点学科、1999年被批准设立“长江学者奖励计划特聘教授岗位”、2000年被批准为上海市重点学科，2001年被批准为国家重点学科。

华东理工大学生物工程学院现在已成为在国内外生物化工领域内具有知名度的研究型学院，被命名为生物化工国家重点学科和生物化工上海市重点学科。学院含三个系、一个国家级重点实验室、一个国家级工程中心、四个研究所等。学院设有1个博士后流动站、4个博士点（生物化工、发酵工程、生化与分子生物学、化学生物技术与工程），9个硕士点(生物化工、发酵工程、生物化学与分子生物学、食品科学、微生物学、微生物与生化药学、生物医学工程、海洋生物学、化学生物技术与工程)，2个工程硕士点（生物工程领域、食品工程领域），4个本科专业(生物工程、生物科学、生物技术、食品科学与工程)，拥有国内一流、世界先进水平的科研装备。