侯样麟，又名侯波，出生于广东省汕头市区。侯祥麟在汕头念小学时，日本帝国主义强迫中国政府接受"二十一条"，以及"五七"、"五九"等国耻纪念日震撼着他，捍卫祖国成为支配他一生的信念。 1925年底1926年初，他乘轮船经厦门去上海念初中，住在外白渡桥北面。桥南的外滩公园门口，竖着一块牌子，上面写着"华人与狗不得人内"。使他觉得蒙受了极大耻辱，更加激发了打倒帝国主义捍卫祖国的信念。

1928年秋他考入上海圣约翰大学附属高中念书，幻想着用科学救国。他原来很喜欢物理，后来听化学老师讲原子能有极大威力，幻想掌握这能力可打败帝国主义。因误以为原子能是属于化学范畴，所以高中毕业后考大学的化学系。

1931年秋到北平燕京大学化学系就读。刚到北平不久就发生"九·一八"事变，他跟着同学们到南京请愿，要求政府出兵抗日。蒋介石出来见学生，答应"即日率师北上抗日"，但没有实现诺言，这使侯祥麟心中埋下了蒋介石不可信的看法。在燕京念书期间，在一些中外刊物和同学的影响下，对中国红军和革命道理有了一些理解。

1935年秋侯祥麟考入上海中央研究院化学研究所当研究生，参加从明矾石提取氧化铝和硫酸钾的研究工作。取得结果后原准，备进行半工业化试验，因日寇入侵上海未果。在上海期间，他参加了龚普生组织的读书会，还读了英文版的《资本论》等经典著作。

上海沦陷后，他想参加抗战工作，没有回汕头，而是和几个同事于1937年底乘船经香港去长沙，参加文化界抗日后援会的一些抗战宣传活动。1938年4月他加入中国共产党后，到国民党的一个特种部队当教官，1939年随部队入四川。1940年底他离开部队到重庆，在西南运输处的炼油厂工作。当时国内没有石油资源，汽油柴油等液体燃料靠国外从滇缅公路运进来，市面奇缺，他决心要参加解决中国的液体燃料的工作。1941年秋到云南搞煤炼油工作，1943年底又回重庆，在兵工署的炼油厂工作。

侯祥麟通过自费留学考试，于1945年到美国，在匹兹堡的卡乃基理工学院(现卡乃基梅隆大学)化工系念书，在其煤炭研究室做研究。1948年11月完成博士论文答辩后，和麻省理工学院化工系联系，到其燃料研究室当副研究员，做涡流床煤的气化研究。为了教育、动员自然科学方面的留美同学回国参加新中国建设，他参加、组织留美学生活动。在他和有关同志推动下，1949年6月在匹兹堡成立了留美中国科学工作者协会(简称留美科协)，选出侯祥麟、杜庆华、陈能宽等5人为干事，吕保维、严呜臬、黄葆同等3人为候补干事，侯祥麟任常务干事，主持日常工作。他们成立地区性区会，出版《留美科协》，报道总会、区会情况及国内消息、来信、文件资料等。理监事会由全体会员通讯选举，选出华罗庚、侯样麟、洪朝生、张文裕、丁儆、宗国琼等9人为理事，候补理事3人，徐光炽、颜呜桌等3人为监事，唐敖庆、潘绍舟等3人为候补干事。11月下旬召开理监事联席会，决定扩大会员人数。1950年5月1日已有区会32个，在美国会员715人。1950年留美科协号召会员回国，虽然美国施加阻挠，仍有近一半会员回国，9月宣布停止活动。 1949年底侯祥麟准备回国，由于美国的多方阻挠，到1950年5月才乘上一艘挪威货船离开洛杉肌，6月26日朝鲜战争爆发时到青岛，转赴北京。

他在卡乃基理工学院写的两篇论文，由其导师整理后分别发表于《美国化工学会会志》和英国《燃料》杂志。回国不久，侯祥麟回汕头和他大哥为在1949年去世的父亲出殡，住了几天就回北京。1956年秋，他应清华大学化工系主任曹本烹(1983年去世)之邀，到清华大学任化工系教授、燃料研究室研究员。燃料研究室是燃料工业部和清华大学合办的研究液体燃料的机构。燃料工业部和中国科学院商定，将中科院在大连的工业化学研究所改为石油研究所，燃料研究室的专职研究人员全部调往大连。同年12月侯祥麟到大连，任石油研究所研究员，代理高级汽油研究室主任。

在清华期间，侯祥麟参加了中国民主同盟，任清华区分部主任委员，后任北京市民盟副秘书长，市人大代表。在教授中发展了一些盟员。在高级汽油研究室工作期间，组织领导开展一些炼油新技术的研究，后被开发应用于生产。1954年春，侯祥麟被调到燃料工业部石油管理局炼油处，任主任工程师，管炼油的技术工作。1955年任中国科学院技术科学部委员，1979年改任化学部委员。

1956年国务院决定制订1956－1967年科学发展远景规划。集中学部委员和其他科技专家等几百人，从2月至，6月集中搞规划，还请了若干前苏联专家进行指导。侯祥麟和石油研究所所长张大烃、北京大学教授傅鹰共同负责第18项任务：《扩大燃料和润滑剂来源》的起草工作。侯祥麟任石油炼制专业组和可燃矿物组合利用专业组的副组长。

1956年侯祥麟任石油工业部技术司副司长，除归口管理科技工作外，主要抓发展人造石油的规划和筹建科研机构。1958年石油部调整机构，成立石油科学研究院，侯祥麟任副院长，负责炼油一路。他于1958年10月到研究院上任。

侯祥麟到石油科学研究院后，1959一1966年这8年里组织和领导解决了航空煤油的烧蚀问题；研制、生产、供应发展尖端武器所需的几十种特殊润滑材料；研究成功流化催化裂化、铂重整、延迟焦化、尿素脱蜡等几项炼油技术，并配合设计、基建、生产单位应用于生产。

1965年任石油科学研究院院长。组织研究成功几项炼油新技术和特殊润滑材料，"文化大革命"开始，这些工作都不能进行。1967年他被夺权、批斗，后住牛棚审查，1969年送湖北潜江的"五七”干校劳动，1971年8月才被"解放"回京。

1970年煤炭、化工、石油3部合并为燃化部。1972年康世恩任部长，成立了石油化工研究院，侯祥麟任第一副院长，1977年任代院长。

燃化部在1975和1978年两次解体，最后煤炭、化工、石油又各成立部。原石油化工研究院撤销，其综合研究所改为石油部的石油化工科学研究院，侯祥麟任院长至1980年。 1978年4月侯祥麟任石油工业部副部长，主管科技，也兼顾炼油生产工作。1982年4月被免去副部长职务，仍任科技委员会主任(1986年改当常务副主任)。在中国科协领导下，他主持了有17个学会、22个部委参加的会议；提出了《关于合理利用一亿吨石油的若干建议》，由科协上报国务院、党中央。方案上报国务院后，1983年12月国务院下文成立中国石化总公司将原隶属石油、化工、纺织工业部的炼油、石油化工、化纤企业划归该公司。

1983一1993年侯祥麟历任中国石化总公司技术经济顾问委员会首席顾问和常务副主任。1993年顾问委员会撤销后，任总公司的高级顾问。 1978-1993年侯祥麟任第五、六、七届全国政协常委、第七届科技委员会副主任。他多次呼吁支持重点科研单位、阻止人才外流和人才断层的扩大、创造勇于创新的环境等。他还带领专题组，深入调查研究，写出了专题报告如：《进一步完善和深化体制改革》、《加速科技成果转化为生产力的步伐》等，都由全国政协上报国务院、党中央。1981年侯祥麟被选为学部主席团成员。1985一1989年他先后获得中科院授予的奖状和奖章。

1978年侯祥麟等发起成立中国石油学会，他被选为理事长，1989年被聘为名誉理事长。1978年被选为中国化工学会副理事长。1979年起任世界石油大会中国国家委员会主席31983年起任世界石油大会常务理事。 1979年任国家科委发明评选委员会委员兼化学化工评议组组长，1987年改名国家发明奖励评审委员会，任副主任至1993年。1980一1987年任国务院学位委员会委员兼化工评议组组长。

1984年起任中国大百科全书总编辑委员会委员。1986年起任国家自然科学基金委员会委员。1990年起任第二、三届全国自然科学名词审定委员会委员。

1989一1992年被聘为汕头经济特区顾问，曾几次去汕头了解情况，对广澳特区的发展等问题提出过建议。1993年北京潮人海外联谊会成立，被聘为顾问。侯祥麟在报刊上曾发表过各方面的文章多篇。他主编出版的有：《中国页岩油工业》(1984年)；《中国炼油技术》(1991年)；《英汉石油大辞典》(共10分册)(1991-1995年)；《自然科学名词·石油》(1994年)。他任《中国大百科全书·化工》(1987年)的编委会副主任。《中国炼油技术》获第七届全国优秀科技图书一等奖。