黑云庵位于距达州市城西23公里的铁山上。相传很久很久以前，铁山有三座庙，即：小尖山、杨公庙、黑云庙，三座庙都在一条线上，庙与庙之间相距不远。其中黑云庙当初叫慈善庵，后来改叫黑云庵，还有一段神奇的来由。

那是在很久很久以前，杨公庙里有99个和尚（一说是49个）英勇抗击元军的入侵而壮烈牺牲。杨公庙的主持十分感动，将和尚的尸体收回安葬在慈善庵附近，99个和尚合并一处，墓地修得雄伟气派，显得气势恢宏。安葬后刚满七七四十九天，杨公庵的主持正为死去的和尚念经做法事，超度亡灵。忽然，电闪雷鸣，暴雨倾盆而下。霎时，和尚坟中心一声巨响，爆出万丈电光，紧接着和尚坟自动裂开，随即下沉，势如天崩地裂。此刻雷雨交加，四面山洪暴发，如万马奔腾。雷雨一阵紧似一阵，越下越大，至晚才停。天刚晴，主持来到和尚坟前，和尚坟已变成了一个方圆数十丈宽的堰塘，塘里水波荡漾。主持双手合在胸前连声说：“善哉，善哉！我的徒儿已得道成仙矣！”

慈善庵的49个尼姑，十分敬佩得道升天的和尚，人人身穿青纱，天天围着堰塘，跪拜在地，为和尚念经超度亡灵。盛夏酷暑，三九寒冬，天天如此，年年如是。一日观音南巡，路过铁山上空，忽然，被一道青烟挡住去路，速派童子下界查看原因。观音得知此事，欲试探尼姑们的诚意，于是伸手向下一点，堰塘中心即刻燃起万丈火焰，熊熊烈火活象一座火焰山。尼姑们比在炼钢炉前还要烤人，一个个被烤得汗如雨下，顿时昏倒在地。观音见状将手一指熄了大火，下了一阵小雨。尼姑们醒来，马上又跪地继续念经，没有一人回慈善庵。观音被慈善庵尼姑们的一片诚心打动，于是信手一挥，将一团黑云罩在慈善庵和堰塘的上空。从此，无论夏日酷热，阳光始终照射不到慈善庵和堰塘。春去夏来，年复一年，黑云总是罩在慈善庵和堰塘的上空。

消息传来，小尖山庙和杨公庙的主持、和尚，都聚集到慈善庵拜佛求神，都认为这是死去的99个和尚得道升天的造化，黑云就是他们的灵魂在保护慈善庵。于是将慈善庵改为黑云庵。

消息不胫而走，且越传越远。附近州县的官员、百姓、文人、墨客、香客蜂拥而至，都来观赏铁山黑云这一奇观。黑云庵成了铁山的一道景观。黑云庵的香火空前鼎盛，前来拜佛求神烧香的人络绎不绝。黑云庵从此圣名远扬。