黑龙江省中医医院前身是成立于1957年的黑龙江省祖国医药研究所，是全国成立最早的省级中医药科研医疗机构之一。随着规模的发展和功能的不断健全，1985年更名为“黑龙江省中医研究院”。为了充分发挥我院的中医医疗优势，1995年经黑龙江省编委批准加挂了“黑龙江省中医医院”的牌匾，同年被评为三级甲等中医医院；现已发展成为集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药科研医疗机构，2001年先后被确定为黑龙江省和哈尔滨市的城镇职工医疗保险定点医院。2004年获得卫生部、人事部、国家中医药管理局联合授予的“全国卫生系统先进集体”和黑龙江省委授予的“全省小康建设百面红旗集体”荣誉称号。2008年被国家中医药管理局确定为重点中医院建设项目单位。

医院占地面积7500平方米，建筑面积30400平方米，固定资产9123万元，资产总值达到1.5亿元。我院现有在编职工552人，其中专业技术人员和研究人员448人，占职工总数的81.2%。专业技术人员中有正、副高级职称专家187人，其中享受政府津贴的25人（享受国务院津贴的20人），国家级名中医和省级名中医19人。医院现有国家中医重点专科(专病)4个，国家级中医重点研究室、实验室6个，省政府重点学科7个，省中医重点专科8个，下设中药、中医临床和针灸经络研究所3个，国家中药剂型改革基地和我省中药新药研发基地设在院内。

医院医疗部分设内、外、妇、儿、骨、针灸、推拿、口腔、眼科等一级临床科室16个，肾病、心血管病等二级专业分科14个，设医技科室9个，编制床位506张。在医疗科室中，肾病科、心血管科、针灸科和皮肤病科为国家级中医重点专科，除此之外，还有糖尿病科、消化科为省政府重点学科，呼吸科、男性病科等为省中医重点专科。

医院拥有中医内科、中药学、针灸推拿和中西医结合等4个专业的硕士学位授予权，硕士研究生导师33名，博士研究生导师6名，现在院研究生101名。 1999年医院被人事部批准为博士后科研工作站。

医院共取得科研成果270多项，其中获得部省级以上科技进步奖80多项。已研制出中药新产品“刺五加”、“满山红”、“双黄连粉针”等40多个名牌产品并投放市场，年产值达8亿元以上，医院承担部省级以上重大科技攻关课题75项，其中国家级7项，省部级34项，省级行业34项。