清代，黑龙江将军辖区下设的二级政区。副都统驻黑龙江城，又称 “瑷珲城”。清初，1683年（清康熙二十二年），清廷以宁古塔将军辖区的西北部，设置黑龙江将军，同时设置副都统等官员。黑龙江副都统与将军同驻黑龙江左岸的瑷珲旧城（今俄罗斯维谢雪村附近）。但因瑷珲旧城与内地往来交通不便，翌年在黑龙江右岸修筑瑷珲新城。1685年（清康熙二十四年），黑龙江将军与副都统同时移驻瑷珲新城。因系将军及副都统驻地，故称黑龙江城，又名“瑷珲城”。1685年10月24日（清康熙二十四年九月二十七日），清廷以墨尔根（今嫩江县城）地方紧要，决定筑城设兵，令将军萨布素及副都统一员驻守。同时决定，黑龙江城设置副都统，并铸给印信。翌年春，因雅克萨战事，清廷令萨布素将军暂停迁往墨尔根城。1690年（清康熙二十九年），黑龙江将军移驻墨尔根城后，留黑龙江副都统专城驻守。

黑龙江副都统辖区前后变动较大。初设时疆域广阔，东至布列亚山脉和斗色山脉，西至伊勒呼里山脉、呼玛尔窝集和格尔必齐河一带，南至小兴安岭，北至外兴安岭。1858年（清咸丰八年），不平等的中俄《瑷珲和约》签订后，黑龙江以北之地被沙俄侵占，黑龙江副都统辖区仅剩江南部分。1908年8月5日（清光绪三十四年七月初九日），清廷批准，裁撤黑龙江副都统，改设瑷珲兵备道。