由于核酸分子杂交的高度特异性及检测方法的灵敏性，它已成为分子生物学中最常用的基本技术，被广泛应用于基因克隆的筛选，酶切图谱的制作，基因序列的定量和定性分析及基因突变的检测等。其基本原理是具有一定同源性的原条核酸单链在一定的条件下（适宜的温室度及离子强度等）可按碱基互补原成双链。杂交的双方是待测核酸序列及探针（probe）,待测核酸序列可以是克隆的基因征段，也可以是未克隆化的基因组DNA和细胞总RNA。核酸探针是指用放射性核素、生物素或其他活性物质标记的，能与特定的核酸序列发生特异性互补的已知DNA或RNA片段。根据其来源和性质可分为cDNA探针、基因组探针、寡核苷酸探针、RNA探针等。

核酸分子杂交技术主要有以下几种：

Southern 杂交

Northern 杂交

原位杂交（ISH）

荧光原位杂交（FISH），

芯片杂交（属于固一液相杂交）

每一种杂交技术都有其特点，因探针的选择不同又可以衍生出许多相关的技术，在不同领域发挥着重要作用。

特点：

(1)灵敏度高、特异性强；

(2） 用于 DNADNA和RNARNA的定性、定量检测。

用途：

(1） 检测特异 DNADNA序列的拷贝数、特定DNADNA区域的限制性内切酶图谱，判定基因的缺失、插入、重排现象；

(2）特异基因克隆的筛选；

(3)核酸序列的初略分析；

(4) PCR技术的分子基础。