菏泽市农科院原为清末府县学地，民国二十年设山东省菏泽县第一农事试验场，隶属省级领导，因植桑百亩，群众称为桑园子，又因园内遍植花卉免费供人观赏，得名官花园。1945年10月29日，冀鲁豫军区攻克菏泽城，菏泽第一次解放，1946年1月成立冀鲁豫行署农业试验场。1949年8月冀鲁豫边区改建平原省，成立平原省试验场菏泽分场，归平原省农业厅领导。1952年11月平原省撤销，菏泽、湖西、聊城三个专区划归山东省管辖，1953年4月把平原省农业试验场菏泽分场改为山东省农业试验场菏泽分场，1955年3月，山东省统一规划，将全省农业试验单位改为试验站，改称山东省菏泽农业试验站，隶属山东省农业厅领导。1958年9月在试验站的基础上成立山东省菏泽专区农业科学研究所，58年10月菏泽、济宁两专区合并，11月30日农科所随菏泽专区领导机关搬迁，与济宁专区农科所合并，原址改为菏泽县农科所，1959年6月，菏泽、济宁两专署分设，仍称山东省菏泽专区农科所，业务上归山东省农业厅领导，党团生活、政治活动隶属地委农村工作部领导。1978年菏泽地区专员公署改称菏泽地区行政公署，菏泽专区农科所改称菏泽地区农科所，2001年菏泽撤地设市，改称菏泽市农科所，2003年7月，经市编委批复，改名菏泽市农业科学院。