在 rDNA 基因中，16S rDNA 和 28S rDNA 基因间隔序列称为（ITS），它的长度和序列变化较大，将其扩增物进行 RFLP 或序列分析，可用于对细菌的不同生物型、菌株、种、属进行分类鉴定。甚至用于区分关系非常近的种。

在真核生物中，核糖体DNA是由核糖体基因及与之相邻的间隔区组成,其基因组序列从5’到3’依次为: 外部转录间隔区( external transcribed spacer,ETS) 、18S基因、内部转录间隔区1 ( internal transcribed spacer , ITS1 ) 、5. 8S基因、内部转录间隔区2( ITS2 ) 、28S基因和基因间隔序列( intergenic spacer, IGS)。核糖体DNA中的18S、5. 8S和28S的基因组序列在大多数生物中趋于保守,在生物种间变化小,而内转录间隔区ITS1 和ITS2作为非编码区,承受的选择压力较小,相对变化较大,并且能够提供详尽的系统学分析所需要的可遗传性状。