贵州省果树科学研究所始建于1956年，所址位于黔南州罗甸县（龙坪镇大关路4号 邮编550100），距贵州省会贵阳市160公里、黔南州府都匀市190公里。前身为省农业厅建立的农业试验站，其中经历几次变迁，1973年5月收归黔南州农业局直属，称罗甸农科所；1980年农业科研专业调整，将罗甸农科所改为黔南州罗甸果树所，专门从事柑桔类果树研究。1983年12月15日，罗甸果树所交贵州省农业厅直属，1984年3月7日经中共贵州省农业厅党组决定，改名为“贵州省柑桔科学研究所”，县级建制。

近年来，根据贵州农业产业结构调整的需要，结合科研院所体制改革的要求，贵州省柑桔科学研究所逐步拓宽研究领域，经十个部门审批，增挂 “贵州省特色果蔬工程技术（研究）中心”牌子。2007年，在现任班子的努力下，将“贵州省柑桔研究所”再次改名为“贵州省果树科学研究所”，把研究范围由点向面扩展,负责全省果树研究。所下设“常绿果树室”、“落叶果树室”、 “柑桔研究室”三个研究室，设办公室、组织人事科两个行政、后勤办公室。

我所现有在职职工55人，科技人员35人，其中高级职称5人，中级职称10人。在读硕士3人，本科16人。全所占地面积43公顷，建设有资源圃连栋大棚2座；果树示范基地（资源圃）87亩，其中火龙果母本园20亩，资源圃10亩，示范园20亩，柑桔良种示范园20亩，良种枇杷园5亩，柿资源圃10亩，良种甜杨桃资源圃2亩，为我省果树发展提供较好的资源共享平台。2005年贵州大学和我所协商，将我所作为贵州大学农学院实践教学基地之一。所现还建有保鲜贮藏及加工用房800平方米。同时配有果品营养分析室和土肥分析室及组织培养室，馆藏图书资料达32000余册（份）。所切实做好科研成果转化和技术推广工作，共推广各类特色果蔬种植面积14万亩，产生社会经济效益达1320余万元。充分利用我所技术和资源优势引导山区农民增产增收，为当地和我省特色产业发展奠定良好基础，提供较好的资源共享平台，促进我省农村产业结构调整和特色产业加快发展。通过积极开拓进取，全所共承担国家、省、厅资助的科技项目21项，有3项获得国家和省、厅级科技成果奖，“十五”期间以来，共搜集果树、蔬菜种质资源97份,并初步开展了农艺性状评价；在国内学术期刊上和省级以上专业性学术期刊上发表研究论文246篇，主编和参编出版学术专著2部，试验示范产品先后10次在全国、全省的同类产品鉴评会上获得名次。2003年获全国农业科技年活动先进单位；2005年度被省农科院评为先进基层党组织；2006年目标考核获省农科院一等奖，我所现已经取得各种成果27项，其中<<早熟温州密柑国庆1号选育及推广>>及<<我国南方果蔬实蝇的调查研究>>获部级奖励　，柑桔高接换种技术推广获省农业厅农业丰收奖一等奖。

贵州省农业厅与贵州省公安厅1956年5月14日生字第614号联合通知：“将罗甸县郊公安农场交给农业厅建立农业试验站”，1958年下放由罗甸县领导；1963年3月28日黔南州委将罗甸农试站划属州农科所罗甸农科分所；1971年，黔南州又将罗甸农科所下放罗甸县；1973年5月31日州常委会办公会议研究，把罗甸农科所收归黔南州农业局直属；1980年农业科研专业调整，将罗甸农科所改为黔南州罗甸果树所，专门从事以柑桔类果树为主的研究。

1983年12月15日，黔南州罗甸果树研究所交贵州省农业厅直属，1984年3月7日经中共贵州省农业厅党组决定，改名为“贵州省柑桔科学研究所”，县级建制。

2005年8月1日，经省 “十家厅局”下文同意“贵州省柑桔科学研究所”增挂“贵州省特色果蔬工程技术（研究）中心”牌子。

2004年4月，根据《贵州省省属农业科研机构调整重组方案》的通知，“贵州省柑桔科学研究所”调整重组为贵州省农科院下属科研机构之一，2005年12月正式隶属贵州省农业科学院。

2007年4月5日，根据贵州省机构编制委员会办公室批复，省编办发（2007）46号文件，加挂 “贵州省果树科学研究所”牌子。下设“常绿果树室”、“落叶果树室”、 “柑桔研究室”三个研究室。