医药信息工程学院由八个教研室和四个中心组成，分别是信息工程教研室、生物医学工程教研室、网络工程教研室、软件工程教研室、数据决策教研室、图形图像教研室、信息管理教研室和控制与仿真教研室；以及计算中心、信息实验中心、医药信息工程研究中心和信息科学考试中心 。

医药信息工程学院在承担广东药学院所有非计算机专业的《药学计算机应用基础》和《医学计算机应用基础》课程的同时，还承担着对“信息管理与信息系统”、“计算机科学与技术”和“生物医学工程”等3个本科专业7个不同专业方向的教学任务。信息工程学院根据社会经济发展对人才需求，适时制订出信息与医药结合的教学计划，精心打造特色专业和特色学科。所培养的人才深受社会欢迎，2005年的毕业生就业率处于广东药学院最好水平。

在“十一五”期间国家将以信息化带动医药卫生现代化，要在医药领域基本建成网络畅通、应用全面、资源共享、标准统一、系统安全可靠的卫生信息化体系，实现卫生政务电子化，医疗服务网络化，公共卫生管理数字化的整体趋势已经十分明显。这个趋势对医药院校中的计算机和信息科学教学体系结构提出了新的要求；对高等医药院校中的医药信息学科类专业的培养目标和培养模式也提出了新的挑战。现在的医生、护士和医药卫生工作者，已经或必将在医院信息系统（HIS）、检验信息系统（LIS）、临床信息系统（CIS）、医学影象系统（PACS）、电子病历（EPR）、公共卫生事件网上直报系统和药物网格计算等计算机环境中工作。鉴于信息技术与医药深入结合的广泛且紧迫的社会需求,以及广东药学院医药信息科学的深厚底蕴， 2006年4月广东药学院决定将医药信息类学科从原来的医药商学院剥离出来，充实资金和师资力量，成立了广东药学院医药信息工程学院。

医药信息工程学院的所有教师和科学技术人员在信息技术和生命科学领域努力耕耘涉猎广泛。从计算机基础培训、基本程序设计、因特网应用基础、医药信息的网络获取、医院信息系统建设、医学影象系统研究、网格药物计算、医学人工智能和医药数据挖掘等各个领域组织教学和研究。以培养计算机信息技术与医药相结合的专业技术人才为宗旨，并利用现代管理方法努力提高教学质量，使学生成为基础理论扎实，具备较强社会竞争能力和素质的实用型、外向型、开拓型符合我国卫生事业发展需要的高级医药信息复合型人才。

医药信息工程学院的办学宗旨紧扣“十一五”卫生事业发展主题，充分体现信息对于医药卫生事业发展的重要作用。曾两次派教师参加在日本和韩国举行的国际医药信息学会议，并宣读论文。医药信息工程学院年轻且充满活力，其专任教师97%具有硕士以上学历。现有教育部高等学校（本科）计算机基础教学指导委员会医药类计算机基础课程教学指导分委员会委 员（2006-2010）1人；全国高等院校计算机基础教育研究会医学专业委员会副主任委员（2005-2008）1人；中国卫生信息学会卫生信息技术应用专业委员会委员（2004-2007）1人；获广东省“南粤教书育人优秀教师”和“南粤教书育人新秀”2人；广东药学院青年教师教学比赛一等奖2人；广东药学院教学名师1人。 医药信息工程学院的专业设置以市场需求为导向，是广东省培养医药领域MCIO（医药信息主管）和医药信息技术人才的主要基地，发展空间广阔,后发优势明显。