金正大中改巩州置。治所在陇西（今甘肃省陇西县）。辖境相当今甘肃陇西、通渭、漳县、武山、定西等县地。

元至元十八年（1281），置巩昌总帅府，属陕西行中书省。

明洪武二年（1369），巩昌府直隶陕西行中书省。

洪武九年（1376），改行中书省为布政使司，统各府州县，废甘肃行中书省。巩昌府属陕西布政使司。

清圣祖康熙年间分陕西为左、右布政使司。巩昌府属陕西右布政使司，并为治所。

清代，巩昌府治陇西（今甘肃省陇西县）。

下辖：陇西（今甘肃省陇西县）、安定（今甘肃省定西市）、会宁（今甘肃省会宁县）、通渭（今甘肃省通渭县）、宁远（今甘肃省武山县）、伏羌（今甘肃省甘谷县）、西河（今甘肃省西和县）共7县；岷州（今甘肃省岷县）1散州；洮州（今甘肃省临潭县）1散厅。

1913年废。