功能克隆（funetional cloning）

功能克隆（funetional cloning）是利用疾病已知的遗传损伤而引起的生化功能如蛋白质基酸缺陷的信息，进行基因定位，进而克隆该致病基因。以进行的基因克隆大都是预先测知疾病基因的编码蛋白质，利用其mRNA反转录成cDNA，再用cDNA作探针，从人基因组中“约”出基因本身。然而，绝大多数遗传病的基因产物不明，就无法用功能克隆策略进行基因克隆。

功能克隆是从异常表型人手，找出造成这种表型的代谢缺陷或蛋白质结构异常，如酶的失活或缺失，结构蛋白质分子的异常等，最后确定编码这种蛋白质的基因并将其定位。换句话说，这是从表型异常出发，找出导致出现异常表型的异常功能蛋白质，根据蛋白质的氨基酸序列推导出编码的核苷酸序列，以此作为探针，在基因组文库或cDNA文库中去筛选目的基因或目的cDNA，最后克隆和定位这种异常蛋白质的编码基因。与苯丙酮尿症相关的酪氨酸羟化酶基因，与镰刀型细胞贫血症相关的珠蛋白基因，都是用这种方法取得成功例子。这种方法有其局限性，即只适用于克隆那些蛋白质产物及其相应功能都已清楚的基因，无法去克隆蛋白质产物还不清楚的基因。