词条 | 分子力学方法 |
释义 | 简介Gaussian 中有三种分子力学方法。它们用于ONIOM 计算,但也可以用作独立的方法。 这些方法不需要指定基组关键字。 可以使用以下力场: Amber:Amber力场在[37]中描述。这篇文章发表后,实际的参数(parm96.dat)略微做了 更新。我们使用来自Amber网站(http://amber.scripps.edu/)的最新版本Amber。 DREIDING:DREIDING 力场在[38]中描述。 UFF:UFF 力场在[39]中描述。 电荷分配有关的选项除非在分子说明部分设定,否则使用任何分子力学力场时,默认不会为原子分配电荷。 可用的选项可以在初始结构上用QEq算法估计电荷,对任何力学关键字可以用以下选项控制: QEq 使用QEq 方法[40]为所有原子分配电荷。 UnTyped 只对在输入文件中没有指定类型的原子分配QEq 电荷。 UnCharged 对所有电荷为零的原子(也即,在输入文件中没有设定类型或给定了类型但 没有电荷的所有原子)分配QEq 电荷。 参数优先级选项 术语: Gaussian包含以上所列内置力场的内置参数,称为硬件参数。软参数是由用户在 当前任务的输入文件内指定的参数(或者是从以前任务的checkpoint文件读取的参数)。默 认不提供有关的选项,只能使用硬件参数。 HardFirst 从输入文件读取附加的参数,硬件参数优先于读入的软参数。因此,如果 没有相应的硬件参数时,才会使用读入的参数。注意,和硬件参数匹配的 通配符结果优先于软参数,即使后者包含完全匹配的项。若要禁止硬件参 数的匹配,可以使用SoftFirst 选项。 SoftFirst 从输入文件中读入附加的参数,(读入的)软参数比硬件参数值优先。 SoftOnly 只使用从输入文件中读入参数,忽略硬件参数。 ChkParameters 从checkpoint 文件读入参数。checkpoint 文件中任何非标准的(软)参 数都比相应的硬件参数优先,除非同时指定HardFirst。 NewParameters 忽略checkpoint 文件中的任何参数。 Modify (在从硬件和/或软参数构建了参数数组之后,)读入对参数数组的修改 和添加。 多参数说明匹配的处理 因为参数可用通配符指定,一个给定结构有可能符合多种参数组的设定。默认为如果在 力场上存在歧义,则计算中断。以下选项指定遇到多种符合的其它处理方式: FirstEquiv 如果所需的参数有等价的匹配,使用最先发现的。 LastEquiv 如果所需的参数有等价的匹配,使用最后发现的。 输入惯例 Amber 计算需要在通常的分子说明部分,用通常的Amber 符号指定所有的原子类型: C-CT 指定SP3 脂肪族碳原子。 C-CT-0.32 指定SP3 脂肪族碳原子,带有部分电荷0.32 。 O-O--0.5 指定羰基氧原子,带有部分电荷-0.5 。 关于定义原子类型及其有关的关键字,请参看AMBER 论文[37]。 也可以对UFF 和DREIDING 计算提供原子类型和电荷的信息,但不是必需的。对于这 些方法,程序将自动确定原子类型。 应用解析能量,梯度,和频率。 |
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