简介

电荷分配有关的选项

应用

简介

Gaussian 中有三种分子力学方法。它们用于ONIOM 计算，但也可以用作独立的方法。

这些方法不需要指定基组关键字。

可以使用以下力场：

Amber：Amber力场在[37]中描述。这篇文章发表后，实际的参数(parm96.dat)略微做了

更新。我们使用来自Amber网站(http://amber.scripps.edu/)的最新版本Amber。

DREIDING：DREIDING 力场在[38]中描述。

UFF：UFF 力场在[39]中描述。

电荷分配有关的选项

除非在分子说明部分设定，否则使用任何分子力学力场时，默认不会为原子分配电荷。

可用的选项可以在初始结构上用QEq算法估计电荷，对任何力学关键字可以用以下选项控制：

QEq 使用QEq 方法[40]为所有原子分配电荷。

UnTyped 只对在输入文件中没有指定类型的原子分配QEq 电荷。

UnCharged 对所有电荷为零的原子(也即，在输入文件中没有设定类型或给定了类型但

没有电荷的所有原子）分配QEq 电荷。

参数优先级选项

术语: Gaussian包含以上所列内置力场的内置参数，称为硬件参数。软参数是由用户在

当前任务的输入文件内指定的参数（或者是从以前任务的checkpoint文件读取的参数）。默

认不提供有关的选项，只能使用硬件参数。

HardFirst 从输入文件读取附加的参数，硬件参数优先于读入的软参数。因此，如果

没有相应的硬件参数时，才会使用读入的参数。注意，和硬件参数匹配的

通配符结果优先于软参数，即使后者包含完全匹配的项。若要禁止硬件参

数的匹配，可以使用SoftFirst 选项。

SoftFirst 从输入文件中读入附加的参数，（读入的）软参数比硬件参数值优先。

SoftOnly 只使用从输入文件中读入参数，忽略硬件参数。

ChkParameters 从checkpoint 文件读入参数。checkpoint 文件中任何非标准的（软）参

数都比相应的硬件参数优先，除非同时指定HardFirst。

NewParameters 忽略checkpoint 文件中的任何参数。

Modify （在从硬件和/或软参数构建了参数数组之后，）读入对参数数组的修改

和添加。

多参数说明匹配的处理

因为参数可用通配符指定，一个给定结构有可能符合多种参数组的设定。默认为如果在

力场上存在歧义，则计算中断。以下选项指定遇到多种符合的其它处理方式：

FirstEquiv 如果所需的参数有等价的匹配，使用最先发现的。

LastEquiv 如果所需的参数有等价的匹配，使用最后发现的。

输入惯例

Amber 计算需要在通常的分子说明部分，用通常的Amber 符号指定所有的原子类型：

C-CT 指定SP3 脂肪族碳原子。

C-CT-0.32 指定SP3 脂肪族碳原子，带有部分电荷0.32 。

O-O--0.5 指定羰基氧原子，带有部分电荷-0.5 。

关于定义原子类型及其有关的关键字，请参看AMBER 论文[37]。

也可以对UFF 和DREIDING 计算提供原子类型和电荷的信息，但不是必需的。对于这

些方法，程序将自动确定原子类型。

应用

解析能量，梯度，和频率。