方邦基（？－1750年），字乐只，号松亭，中国浙江人，清朝官员，他于1747年担任台湾知府，1749年再升台湾道。

1730年，方邦基高中进士，后来前往闽台任地方官。历任闽沙县知县，台湾县、凤山县（今　高屏两县）知县，海防同知。1747年他因政绩颇佳，升任台湾知府，过两年的1749年再升任台湾军政首长台湾道。不过翌年的返闽叙职当中，船只遭台风遇难。

前任：

书成

福建分巡台湾道

1749年上任

继任：

金溶