随着新的传染性疾病的出现和流行，甲、乙类法定报告传染病病种有所调整。

1989年及以前法定报告传染病包括鼠疫、副霍乱、白喉、流脑、百日咳、猩红热、麻疹、流感、痢疾、伤寒副伤寒、病毒性肝炎、脊髓灰质炎、乙脑、疟疾、黑热病、森林脑炎、恙虫病、出血热和钩端螺旋体病19种。

根据1989年颁布的《中华人民共和国传染病防治法》，1990一1995年甲、乙类法定报告传染病包括鼠疫、霍乱、病毒性肝炎、痢疾、伤寒和副伤寒、艾滋病、淋病、梅毒、脊髓灰质炎、麻疹、百日咳、白喉、流脑、猩红热、流行性出血热、狂犬病、钩端螺旋体病、布鲁菌病、炭疽、流行性和地方性斑疹伤寒、流行性乙型脑炎、黑热病、疟疾、登革热25种。

1996年乙类传染病增加新生儿破伤风和肺结核。

2002年增加HIV感染者。

2003年增加传染性非典型肺炎。

2008年丙类传染病增加手足口病。

2009年乙类传染病增加甲型H1N1流感,共计39种.