Entrez 是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。 Entrez 是由NCBI主持的一个数据库检索系统。

简介

Entrez中的数据库包括

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简介

它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻(neighboring)信息，给出与查询条目接近的信息。

Entrez中的数据库包括

Entrez中核酸数据库为：GenBank, EMBL, DDBJ

蛋白质数据库为：Swiss-Prot, PIR, PFR, PDB

PubMed

基因组和染色体图谱资料

检索领域：(Search Fields)

在WWW Entrez检索系统中，检索内容被分为许多小的领域，每一个检索领域包含以下信息：

进入(Accession):包含进入号

相关性(Affiliation):包括该检索领域建立时的相关信息，原作者地址，有时亦有其他作者地址

作者姓名(Author Name):包含文章作者清单。

E.C号(E.C.Number):是酶学委员会命名的酶的编号

特征词(Feature Key):描述DNA特征的关键词

基因符号(Gene Symbol):基因的标准名称。

杂志名(Journal Title):为检索条目第一次发表时的杂志名，该杂志名是以缩写形式储存于数据库中，如果不清楚杂志是如何缩写的可采用List Terms来查看。

关键词(Keywords)：可以使用较特定的索引条目来检索以上数据库。类似于医学光盘检索。

Medline UID :是Medline对每一个条目给出的唯一识别标记。

MeSH主题词(MeSH Terms):包括 MeSH的主题词，下级主题词。

MeSH主要关键词 (MeSH Major Topic)：为检索条目十分重要的MeSH词目。

修改日期（Modification Date):包含该条目进入Entrez的日期, 与出版日期一样，以年/月/日形式出现

页数(Page Number):该文章所在杂志的页码。

特性(Property):一个或几个关键词，用来描述该序列的类型。

出版日期(Publication Date):包含文章出版日期以及序列录入GenBank的日期。

PubMed ID:PubMed对每一个条目给出的识别标记。

物种(Organism):包含与该蛋白或核酸序列相关物种的学名和俗名。

蛋白质名称(Protein name):

Seq Id: 与FASTA识别标记类似，为序列的一种识别标记

物质(Substance):与该条目相关的化学物质名称。

文字检索词(Text Words):包含文章中的所有词，其中：

Medline词目：标题和文摘

蛋白质词目： 定义，评论，蛋白名称，蛋白描述

核酸条目： 定义，评论，基因名称，基因名称

标题检索词(Title Words):在标题中出现的词，或在描述该条目时出现的词。

卷(Volume):刊登该文章杂志所在卷

使用Medline UID, PubMed ID和 Seq ID进行检索时，在栏目框中要输入数字。如要输入多个数字，中间要用空格或逗号隔开。并选择相对应的检索领域。

检索模式(Search Modes)

www Entrez可以采用几种不同途径的检索方式

名词列表格式(list term)：当输入一检索词后，Entrez将列出与此相关的该领域中所有标准的检索词名称, 此时，可选择一或多个标准名词去检索。

自动格式（automatic）：当输入一个检索词后，即自动检索，如果输入的检索词超过一个，则Entrez会自动将之组合起来, 如果无结果，则可尝试将这多个检索词用“ ”括起来。

阅读文献(Viewing Document)

每一个文件都可以有数种阅读方式，目的各不相同。一般来说，“引文格式(citation)”最适合于阅读Medline形式的文件；“GenPept” 格式适用于阅读蛋白质文件;“GenBank”格式用来阅读核酸文件。

阅读方式

可单一阅读，亦可成批阅读

对于PubMed文章：

引文(citation)格式：包含题目，文摘,MeSH主题词等

文摘格式：包含题目，文摘

ASN.1格式：文章以ASN.1格式出现

MEDLINE格式：文章以MEDLINE格式出现

文件格式

对于蛋白和核酸文件：

GenBank/GenPept格式: 标准的GenBank或GenPept格式

Report格式：GenBank格式

ASN.1格式

FASTA格式

图形格式(Graphic View)

对于结构文件：

结构总结格式：结构的基本信息，可以看三维结构

ASN.1格式：

对于基因组文件：

图形格式

ASN.1格式