洞头渔场是仅次于舟山渔场的浙江省第二大渔场，面积4800平方公里，常年洄游的鱼、虾、蟹类达300多种，10米等线以内浅海26.6万亩，潮间带滩涂10.16万亩。洞头港是国家一级渔港，东沙港是国务院批准的活海鲜锚地，鹿西港是东南海上最大的水产品市场。全县建有五个海洋捕捞基地，六个海水养殖基地，拥有机动捕捞渔船1200多艘，其中渔轮170多对，海水养殖面积3.02万亩，是全国最大的羊栖菜养殖加工出口基地和浙江省紫菜养殖基地。围绕“海字”做文章，继续发展具有海岛优势的临海型经济，初步形成了水产品加工、鱼粉饲料、医药化工、建材制品、电子电器等工业体系，海洋化工、海洋食品和花岗岩开发已成规模，羊栖菜、水产品、医药、化工产品已成为主导性出口产品。1999年全县国内生产总值达8.44亿元， 城镇居民生活费收入和渔农民人均收入分别达到6360元和3206元。常年洄游的鱼、虾、蟹类达300多种，其中常见的鱼类有40多种，渔业生产历史悠久。现在正逐步形成以羊栖菜、紫菜、网箱养殖为特色的养殖基地；水产品总产量13.82万吨，实现人均一吨水产品。其中海洋捕捞产量11.86万吨，海水养殖产量0.74万吨。渔业机动船1349艘，总吨位40697吨，其中渔轮279艘（含外海单拖），19895吨位。海水养殖面积发展到2.8万亩，有5大类28个养殖品种。羊栖菜养殖面积4200亩，总产2014吨，成为全国最大的羊栖菜生产加工出口基地。渔业总产值54911万元。