EBI将SWISS-PROT和TrEMBL数据库合并，构成一个较全面的并且只有最低限度冗余的数据库（Bairoch和Apweiler，1998）。用户可以使用EBI网络服务器上的SRS序列检索系统查询SWISS-PROT和TrEMBL数据库。与上面所提到的数据库相比，该数据库只有较少的错误，但它还称不上是真正的非冗余的数据库。据1997年年中估计，其中包含了SWISS-PROT 和 TrEMBL中的30%的重复序列。显然，为了尽可能地减少错误率和冗余度，需要进行大量工作，包括开发专门的数据库处理系统等。