传统mRNA差异显示技术（DDRT-PCR）是根据绝大多数真核细胞mRNA3'端具有的多聚腺苷酸尾（polyA）结构，因此可用含oligo（dT）的寡聚核苷酸为引物将不同的mRNA反转录成cDNA。该方法的创始人Liang P和Pardee A根据Poly A序列起点前2个碱基除AA外只有12种可能性的特征，设计合成了12种下游引物，称3′-锚定引物，其通式为5'-T11MN；同时为扩增出polyA上游500bp以内所有可能性的mRNA序列，在5′端又设计了20种10bp长的随机引物。这样构成的引物对进行PCR扩增能产生出200条左右的DNA条带，其中每一条都代表一种特定mRNA种，这一数字大体涵盖了在一定发育阶段某种细胞类型中所表达的全部mRNA。将差别表达条带中的DNA回收，扩增至所需含量，进行Southernblot或Northernblot或直接测序，从而对差异条带鉴定分析，以便最终获得差异表达的目的基因。

mRNA 差别显示技术（DDRT-PCR ）

随着PCR技术的发展，人们在此基础上建立起了一系列基于基因分离的新技术新方法。如mRNA差别显示技术（DDRT-PCR ）、以及进一步改进的代表性差示分析（RAD），抑制性扣除杂交（SSH）和交互扣除RNA 差别显示技术（RSDD）。

差别显示PCR是根据绝大多数真核细胞mRNA 的3′端具有的多聚腺苷酸尾（polyA）结构，因此可用含oligo（dT）的寡聚核苷酸为引物将不同的mRNA 反转录成cDNA。该方法的创始人Liang P和PardeeA根据Poly A序列起点前2个碱基除AA外只有12种可能性的特征，设计合成了12种下游引物，称3′-锚定引物，其通式为5′-T11MN；同时为扩增出polyA上游500 bp以内所有可能性的mRNA序列，在5′端又设计了20种10 bp长的随机引物。这样构成的引物对进行PCR扩增能产生出20000条左右的DNA 条带，其中每一条都代表一种特定mRNA 类型，这一数字大体涵盖了在一定发育阶段某种细胞类型中所表达的全部mRNA。回收不同组织所特有的差别表达条带中的DNA ，再扩增至所需含量，进行Southern blot或Northernblot或直接测序，从而对差异条带鉴定分析，以便最终获得差异表达的目的基因。

mRNA差别显示技术（DDRT-PCR ）与示差筛选、扣除杂交相比，具有很多优点：①速度快，较易操作；②由于PCR扩增技术的应用，使得低丰度mRNA 的鉴定成为可能，且灵敏度高，③可同时比较两种以上不同来源的mRNA样品间基因表达的差异。

尽管差别显示技术有以上诸多方面的优点，但在实际操作中仍存在一些问题，主要表现在：①出现差别条带太多，假阳性率高达70%左右，重复性差，且对高拷贝数的mRNA 具很强的倾向性；②扩增条带分子长度较短，一般在110-450bp之间。